预备队由原来的新兵补充队转任，撤销草屿、登州补充队，草屿的120人先充实到草屿守备队之中，登州的300人与长岛200人合并，成立新的预备营，兼任后勤辎重兵，由原登州千户堡守备张庆伟任营总，镇抚后续选派。
长岛兵器厂也由军事部直接领导，工厂主事朱培祥，副主事沈有恒。
第二，成立民政司，主管全卫所民政事务。由陈之文担任主管。暂时下设民事处、建设处两个职能部门，分别由徐远、谢二丁担任主事。因卫所目前农业规模很小，相关业务暂归民事处负责。
第三，成立商业司，主管民用产品生产和销售，也就是负责赚钱。主管由吴南担任，谢进、李大牛任副主管。下设知味观酒楼、兴华商行、顺风速运以及工坊等，三江湾护卫队也划入商业司，由谢进兼任队长，负责商业保护及处理商业纠纷。
第四，成立海事司，负责海运、海上作战及海外贸易。这是一个军民合一的部门，下辖海贸处、水师编队和造船厂，同时还需接受军事部参谋处、镇抚处业务指导，并由镇抚处派遣镇抚官进驻水师编队。海事司由吴东任主管，其中海贸处由徐礼勇暂代主事，水师编队暂由吴东兼任管带，造船厂由杨大强任主事。
第五，成立情报司，负责对外情报收集和对内监督，由李守信担任主管，内部架构设置和人员安排另行明确。
第六，成立内务司，负责卫所内部事务，做好相关文书工作。由谢三任主管。下设秘书处，由沈云任主事；财务处，由沈大成任主事；监察处，主事暂由谢三兼任。”
这一部五司的编制架构，既突出了当前军事部门的特殊地位，并由许东亲自担任总管，来保证对军队的掌控，又兼顾其他领域的分权负责，减轻许东领导压力。不过具体运行的怎么样，还需进一步磨合。
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