1755年，考虑到母亲年迈多病，嵇璜请求辞官回家照顾，但未获批准。直到年底，母亲病情加重，乾隆帝才同意他回家探望。1756年，江苏多地遭受河决之灾，嵇璜在无锡上奏，建议采购小麦运往灾区平价出售，以救济灾民。这一建议得到了乾隆帝的认可和采纳。
1757年春天，乾隆帝基于嵇璜的母亲病情好转及其父亲嵇曾筠在河工方面的丰富经验，任命嵇璜为南河副河总，负责江北淮扬一带河道的疏浚，并赐诗鼓励。嵇璜在淮扬地区采取了一系列治理措施，包括修建高邮运河东堤闸坝，使部分蓄水能够排向长江，减轻入海压力，并开始疏导下河归海的路径。这些工程持续到1758年五月才完成，得到了乾隆帝的高度评价，并被擢升为工部尚书，不久后又调任礼部尚书。
1759年四月，嵇璜返回无锡探望母亲，并请求留在家乡尽孝，但未获批准。1760年八月，嵇璜进京为乾隆帝祝寿，十月返回无锡途中，途经清江浦时发现了一些亟需改进的工程，如运河东堤金湾滚坝口的淤塞问题，以及廖家沟、石羊沟、董家沟三坝的高度调整等。他将这些问题上报朝廷，并得到了处理指令。
1764年十二月，嵇璜因丁忧回到无锡。1767年四月，他复出担任礼部尚书，同年七月改任河东河道总督。尽管嵇璜对东河的情况不太熟悉，但他还是亲自前往河南调查实际情况。在任期间，他发布了一系列改革措施，包括裁减不必要的河工人员、种植柳树加固河堤等。嵇璜还亲自参与抢险工作，有一次在虞城工险时，不顾恶劣天气，坚持在现场指挥，最终成功保住了堤岸。
三、返京廿载
1768年，嵇璜在担任河东河道总督期间遇到了漕运粮食船只过津的问题。由于船只过津时间长短不一，引起了乾隆帝的不满。嵇璜承认这是由于官员办事不力和催促不到位所致。乾隆帝对此事进行了批示，并指示相关部门调查处理。最终，嵇璜被调离了河道总督的岗位，改任工部尚书。这次调动标志着嵇璜结束了在治河前线的工作，转入了中央政府的更高职务。
1769年，嵇璜再次遭遇挫折。有人举报他在担任河道总督期间未能有效甄别下属官员的表现，导致工作效率低下。乾隆帝对此作出了批示，嵇璜因此被降三级使用，并补任都察院左副都御史。同年五月，嵇璜在与刑部共同审理案件时，因刑部错误定罪而嵇璜未能详加审查，导致他在文书上签字确认，结果再次受到降一级留任的处分。
尽管经历了多次波折，嵇璜仍然在官场上稳步前行。1771年，他被任命为工部右侍郎。1773年五月，嵇璜再次被提升为工部尚书，同年八月，调任兵部尚书，并担任经筵讲官。1774年，嵇璜担任《四库全书》正总裁，并且是会试的正考官。
1775年四月，乾隆帝驻跸香山行宫时，嵇璜因未按规定前往参见，再次受到降三级的处分。同年十二月，他又被调回工部尚书的职位。1779年十二月，嵇璜兼任翰林院掌院学士，并随后调任吏部尚书兼协办大学士。1780年，嵇璜在年度考核中表现优异，被加一级，并在六月被任命为教习庶吉士，九月被授予文渊阁大学士兼国史馆、三通馆正总裁等重要职务。
嵇璜在京任职的二十余年里，主要工作集中在文化典籍的编纂上。他主持编写的《河源纪略》是对河流源头的研究成果，而《四库全书》则是中国古代最大的一部综合性丛书，包含了古代文献的精华。此外，他还参与了“清三通”（《续文献通考》、《续通典》、《续通志》）的编纂工作
四、老成谋国
1781年夏季，黄河青龙岗段发生决口，泛滥的河水经赵王河汇入大清河，最终流入大海。尽管嵇璜已经远离河工多年，但他依然关心着治河事务。在经过一番实地考察后，嵇璜前往热河面见乾隆帝，提出了一个大胆的建议——让黄河恢复北流，重返山东故道。这一提议在当时引起了轩然大波，因为自从北宋时期黄河改道南迁以来，这条新的河道已经存在了几百年，改变其流向被认为是一项极其复杂且风险巨大的工程。
乾隆帝最初对嵇璜的建议持谨慎态度，认为这一计划实施难度极大。然而，青龙岗决口的情况却变得越来越严重，堵而复决，使得大学士阿桂以及河督李奉翰等人都感到束手无策。在这种情况下，乾隆帝再次询问了阿桂等人对嵇璜建议的看法，并要求他们根据实际情况如实回复。
阿桂等人根据自己的理解和对现状的分析，认为山东的地势实际上比江南（江苏北部）要高，因此，青龙岗决口后溢出的大部分水量仍然倾向于向南流动，而不是北流。他们认为，恢复黄河北流至山东故道的建议是不可行的，并上书表达了反对意见。乾隆帝在收到这些奏章后，虽然心中对嵇璜这位熟悉河务的老臣有所信任，但仍感犹豫，毕竟治河是一项复杂的工程，需要综合考虑各方的意见。
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