一、早期战功
乾隆末年至嘉庆初年，中国西南边陲及内陆地区动荡不安，额勒登保以其卓越的军事才能，在这一系列平叛战役中崭露头角，立下赫赫战功。
乾隆五十二年，台湾发生叛乱，额勒登保随军出征，凭借其勇武与智谋，成功平息了这场风波，其战功被铭记于紫光阁，彰显了他的军事才能。随后，乾隆五十六年，他又随福康安远征廓尔喀，担任驻藏大臣，在攻克擦木贼寨的战役中，他身先士卒，七战七捷，直抵帕朗古河，展现了非凡的军事指挥能力，因此被加封为副都统。
进入嘉庆年间，贵州松桃与湖南永绥的苗族叛乱更是严峻考验。额勒登保与德楞泰等将领受命出征，他们迅速行动，不仅解救了被围困的永绥，还攻克了叛军的重要据点黄瓜寨。面对狡猾的叛首吴半生，额勒登保更是穷追不舍，最终将其擒获。随后，他又乘胜追击，平定了干州等地的叛乱，生擒叛军首领吴八月，彻底稳定了局势。
嘉庆元年，随着福康安与和琳的相继离世，额勒登保成为了平定苗疆叛乱的主要指挥官。他与德楞泰、姜晟等人紧密合作，在朝廷增援下，最终攻克了叛军最后的据点养牛塘山梁，并斩杀叛首石柳邓，彻底平息了这场长达数年的叛乱。额勒登保因功被封为威勇侯，并赐予双眼花翎，成为当时朝廷中备受瞩目的将领之一。
二、围剿教乱
嘉庆二年（1797年），额勒登保奉旨前往湖北，负责镇压当地的教匪活动。当时，林之华和覃加耀领导的教匪占据长阳县黄柏山，此地地形险要，易守难攻，加上粮食充足，成为了难以攻克的堡垒。此前，总督福宁曾多次尝试攻打未果。
三月份，额勒登保率部抵达前线，立即组织攻势，成功攻克了四方台。随后，教匪向鹤峰县的芭叶山撤退，这里有一个名为大拏口的险要隘口。经过几个月的努力，在六月份，额勒登保率军攻克了大拏口。接着，教匪被迫向宣恩、建始方向转移。
到了十月，额勒登保采取了分兵三路的战略，最终在大茅田击毙了林之华。然而，覃加耀却趁机逃脱，逃入施南山中，后来又窜至长乐县的朱里寨。这个山寨三面都是悬崖峭壁，仅有一条狭窄的小道可以进出，形势极为险峻。面对如此坚固的防御，额勒登保派遣精锐部队通过绳索攀爬进入寨内，并使用火药爆破战术，导致大量教匪坠崖身亡，山谷之中尸体遍布。
尽管如此，覃加耀仍然带着二百名残余势力逃往归州的终报寨。由于未能彻底消灭敌人，额勒登保受到朝廷的指责，被降为三等伯爵。不过，在嘉庆三年（1798年）春季，覃加耀最终被擒获，虽然因此次事件处理迟缓而被剥夺了爵位和官职，但他仍然获得了副都统的头衔，并被命令前往陕西协助镇压高均德、姚之富、齐王氏等人的叛乱。
在此期间，李全企图与这些叛军汇合，但被额勒登保击退。失去了李全的支持后，姚之富和齐王氏很快就被明亮和德楞泰击败。额勒登保继续追剿高均德，在两岔河地区发现敌踪，后者又分散逃往商州和镇安。
四月份，额勒登保前往荆州会合部队对付张汉潮，在竹山击败了对方，并紧追不舍，由陕西进入了四川。九月，他们在广元再次交手，并俘获了张汉潮的儿子张正漋。随后，额勒登保与德楞泰等人共同追剿川匪罗其清，后者据守营山箕山，但在德楞泰的攻击下被迫转移到大鹏寨。
额勒登保吸取了之前黄柏山和芭叶山战斗中的教训，决定采取速战速决的策略，亲自指挥部队在罗其清的防御工事前建立营地，并连续七天七夜持续进攻。最终，罗其清无法抵挡，逃向巴河附近的一个废弃堡垒。然而，就在即将取胜之际，额勒登保突然下令撤退，给敌人制造了一个逃脱的机会。但实际上，这是他精心策划的陷阱，利用教匪急于逃跑的心理，使其在逃亡过程中被民兵逐一捕获，从而实现了不战而屈人之兵的效果。这一策略的成功实施，不仅减少了己方伤亡，还迅速结束了战斗，额勒登保也因此恢复了他的荣誉标志——花翎。
三、四川剿匪
嘉庆四年（1799年），随着冷天禄、萧占国、张长庚等教匪的活动日益猖獗，朝廷决定加强在四川的剿匪力度。额勒登保在这场战役中扮演了至关重要的角色。三月份，他率领军队追击冷天禄至大竹，得知萧占国和张长庚已经从阆州逃往营山，立即调转方向，带领部队迎击。教匪占据黄土坪，背靠大山，面临长江，地势险要。额勒登保命令总兵朱射斗绕道鸡猴寨，切断教匪的西逃路线，自己则率领杨遇春从东面进攻城隍庙。教匪向西逃窜，被朱射斗阻截，遭到夹击，损失惨重。额勒登保趁夜色继续追击，在谭家山完成了对教匪的包围，几乎全歼了萧占国和张长庚的势力。
冷天禄得知消息后，并未表现出恐惧，反而夸耀自己曾在安乐坪击败过经略大臣的数万大军。此时，冷天禄驻扎在岳池，距离大军不远。他派遣主力部队先行撤离，自己则率领八百名精锐断后。额勒登保利用雨天掩护，从小路快速前进至广安，并命令穆克登布占领石头堰以等待冷天禄的到来，同时让杨遇春从背后偷袭。额勒登保本人则率领骑兵正面冲锋，最终在战斗中用箭射杀了冷天禄。第二天，额勒登保继续追击冷天禄的大队人马至石笋河，将他们几乎全部消灭。
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