到了六月，恒瑞与德楞泰在石人河对高均德发起了夹击，取得了重大战果。随后，恒瑞与惠龄一起进攻老林场的叛军据点，并逐步逼近大神山。高均德和冉文俦凭借地势险要，顽固抵抗，但恒瑞采取了分路进攻的策略，最终迫使叛军撤退至箕山。此时，另一股叛军首领徐天德、樊人杰也在将军富成的追击下，无路可逃，最终也被迫逃入箕山。
在恒瑞的统一指挥下，惠龄和德楞泰从正面进攻，而恒瑞则从背后发起攻击，经过一番激战，叛军的据点被彻底摧毁，叛军遭受了沉重打击，先后被斩杀或俘虏近万人。
在解决了箕山的叛军之后，罗其清、李全、王廷诏等人逃往了大鹏山。恒瑞率部进围，经过数月的努力，终于在十一月攻克了大鹏山，再次沉重打击了叛军的气焰。
然而，就在恒瑞准备继续追击叛军的时候，李全和樊人杰再次逃窜至西乡。对于恒瑞未能及时追击叛军的行为，嘉庆帝表示了严厉的批评，并对其提出了警告。
四、赴宁羌击贼
嘉庆四年（1799年），恒瑞被临时委任为陕甘总督，负责镇压在陕西宁羌地区活动的叛军。彼时，叛军分为“蓝号”和“白号”，其中“蓝号”和“白号”的叛军头目活动频繁，给当地的治安带来了极大的威胁。恒瑞抵达宁羌后，迅速 组 织 了对叛军的攻势。
不久，张应祥等人窜入秦州和两当地区，恒瑞再次展现了他的军事才能，成功击退了叛军。接着，他又对张汉潮和冉学胜领导的叛军进行了打击，迫使他们逃离了战场。
五月，恒瑞卸下了陕甘总督的职务，转而专注于对付“白号”叛军。他率领军队进入与四川龙安接壤的白马关地区，这里地势险要，易守难攻。为了尽快解决叛军，恒瑞派遣将领冒着大雨对叛军进行突袭，迫使叛军逃往西和与礼县。在这一过程中，恒瑞命令布政使广厚和总兵吉兰泰截击叛军，他自己则率军赶往贾家店和黑马关，对“蓝号”叛军实施了侧翼攻击，在老柏树地区大败叛军，为此他再次获得了花翎的荣誉。
叛军在被击退后，一度逃入四川北部，但到了秋天，他们又重新回到了陕西境内。恒瑞迅速组织反击，将叛军击退。之后，他前往城固和洋县，与明亮会合，共同镇压张汉潮领导的叛军。在东西叉河地区，恒瑞和明亮联手重创了叛军，迫使他们从马垭道逃入老林。恒瑞在清水沟设伏，趁着雾雨天气，悄悄渡过了三渡水。
然而，恒瑞的这些行动并未完全消除嘉庆帝的疑虑，帝认为诸将有意放纵叛军，并且质疑恒瑞之前在追剿“蓝号”叛军时几乎已将其肃清，但却选择放弃继续追击而返回陕西，对此，帝下令让尚书那彦成调查此事。值得注意的是，那彦成是恒瑞的女婿，但他仍然公正地报告说，恒瑞撤军是因为遵循了总督松筠的指示，最终恒瑞因此免于处罚。
不久之后，明亮在追剿张汉潮的过程中取得了决定性的胜利。恒瑞从五郎出发，继续追击叛军余部。李得士等人从大建沟逃入老林，向秦岭方向逃窜。恒瑞与那彦成联手，对冉学胜等叛军进行围剿，迫使叛军逃往涝谷。恒瑞在两岔河设下阻击线，追击叛军至山阳东沟，再次取得了胜利。
五、围剿川匪
嘉庆五年（1800年），四川的叛军势力再度活跃，约有两万余人的叛军从略阳侵入两当和徽县地区。面对这一严峻形势，恒瑞迅速采取行动，从褒城进入栈道地区，追击叛军。叛军见状，逃往陇州、清水和秦安等地。恒瑞与那彦成合作，追击叛军至汪家山，并在那里给予了叛军一次重大的打击。
然而，在秦安地区，总兵凝德不幸战死。恒瑞得知消息后，立即前往增援，并与那彦成联手，在龙泉沟和深都堡再次击败了叛军。尽管取得了胜利，但在洵阳地区，总兵多尔济和札普也壮烈牺牲。
嘉庆帝对叛军的猖獗感到担忧，多次下诏催促恒瑞加强镇安和五郎地区的剿匪力度。三月，恒瑞抵达唐藏，此时杨开甲和高均德正在南星一带制造混乱。恒瑞留下总兵观祥驻守，自己则前往商州。然而，嘉庆帝怀疑恒瑞有避战之意，多次下诏询问具体情况。在这种情况下，恒瑞不得不前往镇安，对冉文胜等叛军进行围剿，并在大中溪地区取得了胜利。
与此同时，额勒登保在辉峪地区击败了杨开甲，恒瑞则从龙驹寨进行抄截，但杨开甲逃脱。在漫川关，副将李天林被叛军围困，恒瑞迅速前往救援，击杀了叛军首领罗贵等人，迫使叛军分路向西逃窜。因为这一系列的胜利，恒瑞被授予了云骑尉的世职作为奖励。
到了六月，恒瑞率领总兵德忠驻守太渠和唐藏。此时，叛军伍金柱、高天德和马学礼侵犯了西乡地区，提督王文雄在战斗中不幸阵亡。恒瑞随即率领部队进军大石川，叛军闻讯逃往滩口，并在那里被杨遇春击败。
六、落幕：病逝西安，一代名将的最后岁月
嘉庆三年（1798年）底，当义军逼近陕西之时，恒瑞因未能迅速出击而受到指责。次年，他短暂担任陕甘总督印务，然而，长期的征战和操劳最终拖垮了他的身体。嘉庆四年（1799年），这位曾经风光无限的宗室将领病逝于西安，结束了他充满荣耀与争议的一生。
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