诸葛亮建议说：“现在西川已经平定，很难再容纳两个主人，可以把刘璋送去荆州。”但刘备说：“我刚得到蜀郡，不能这么快就让刘璋远离。”然而，诸葛亮提醒他：“刘璋失去基业，都是因为他太弱了。主公你如果总是妇人之仁，遇事不决断，恐怕这片土地你也难以长久保有。”刘备听从了诸葛亮的建议，于是设了一场大宴，请刘璋收拾财物，佩带振威将军的印绶，命令他将妻子家眷全部送去南郡公安居住，即日起程。
刘备自任为益州牧，对于那些归降的文武官员，都给予了重赏，并拟定了他们的名位和爵位。比如严颜被任命为前将军，法正为蜀郡太守等等，共有六十余人被提拔任用。同时，诸葛亮被任命为军师，关羽、张飞、赵云等人也都有了新的职务和封号。刘备还派遣使者送去大量的黄金、白银、钱和蜀锦给云长，其他的官员和将领也都根据功绩得到了相应的赏赐。他又杀牛宰马，犒赏士兵，打开粮仓赈济百姓，使得军民都非常高兴。
益州安定下来后，刘备打算将成都的一些有名的田地和宅院分赐给官员们。但赵云劝阻说：“益州的百姓已经多次遭受战火之灾，田地和宅院都空了。现在应该归还给百姓们，让他们能够安居乐业。不应该将这些田地宅院夺走作为私人的赏赐。”刘备听了非常高兴，采纳了赵云的意见。他让诸葛亮制定治理国家的条例，其中刑法颇为严厉。法正对诸葛亮说：“以前高祖制定法律只有三章，百姓们都非常感激他的恩德。希望军师你能够放宽刑罚减少法律，以抚慰百姓的期望。”但诸葛亮回答说：“你只知其一不知其二。秦朝的法律过于残暴苛刻百姓们都非常怨恨所以高祖用宽仁的政策赢得了他们的支持。但现在刘璋昏庸懦弱不能有效地施行德政和威严的法律导致君臣之道逐渐沦丧。如果我们用高官来宠信他们就会变得残忍无道；如果我们用恩惠来顺从他们就会变得傲慢不逊。这正是刘璋政权衰败的原因所在。我现在要用威严的法律来统治他们让他们知道感恩；用有限的爵位来激励他们让他们知道荣耀。这样恩荣并济上下有序才是治理国家的正确方法。”法正听了之后非常佩服。从此军民安居乐业四十一个州的地盘也都分兵镇守安定了下来。
法正被任命为蜀郡太守之后对于以前曾经给他一顿饭的恩德或者瞪他一眼的怨恨都进行了报复。有人向诸葛亮告发说：“法正太过跋扈了应该稍微斥责一下他。”但诸葛亮却说：“以前主公在荆州困守的时候北面畏惧曹操东面惧怕孙权全靠法正辅佐他才能展翅高飞不再受人控制。现在我们怎么能够禁止法正稍微放纵一下自己的意愿呢？”因此诸葛亮最终没有追究法正的责任。法正听说了这件事之后也自觉地收敛了自己的行为。
有一天刘备正在和诸葛亮闲聊突然有人来报告说关羽派关平来感谢他赠送的金帛等物。刘备召见关平关平呈上了关羽的书信说：“父亲知道马超的武艺非常高强他想要进入川中和马超比试高低请伯父同意这件事情。”刘备听了之后非常吃惊地说：“如果云长进入蜀中和马超比试那么两人之间必然会势不两立。”
孔明说：“没关系，我会自己写回信给他。”刘备担心关羽性格急躁，便让孔明写了信，然后派关平连夜赶回荆州。关平回到荆州后，关羽问他：“我想和马超比试，你告诉军师了吗？”关平回答说：“军师有信在此。”关羽拆开信来看，信中写道：
亮听说将军想和马超一较高下。以我看来，马超虽然勇猛过人，但也只是像黥布、彭越那样的人而已，他应该和张飞并驾齐驱争取先锋，但还比不上美髯公的绝伦超群。现在将军受命守卫荆州，责任重大，如果一旦入川，荆州有失，那就罪责难逃了。希望将军明察。
关羽看完信后，摸着自己的胡子笑着说：“孔明真是了解我啊。”他把信拿给宾客们看，从此便打消了入川的念头。
再说东吴的孙权，得知刘备吞并了西川，将刘璋赶到公安，于是召来张昭、顾雍商议说：“当初刘备借我们荆州时，说好取了西川就还荆州。现在他已经得到了巴蜀四十一州，我们必须要求他归还汉上诸郡。如果他不还，我们就动武。”张昭说：“吴中刚刚安定下来，不宜动兵。我有一计，可以让刘备心甘情愿地将荆州双手奉还给主公。”
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