但这仅仅是个开始，位于昼半球的美洲大陆生物几乎在瞬间被全灭，可能还算是死的比较痛快的；而在背对太阳的地球的另一面，也就是夜半球的亚欧大陆上的人们，日子可能更不好过，照明工具、交通工具和通讯工具的瞬间失灵，使得黑夜中的人们陷入了无限的恐慌之中，各地爆发骚乱，等到他们终于迎来初升的太阳时，他们发现他们要面对的是一个令人恐惧的蝌蚪形状的大火球，失去了臭氧层的庇护，高能的宇宙射线和太阳辐射肆无忌惮的落到了人们的头上；体质较弱的很快死亡，体质比较强的也留下了无穷的后遗症，包括皮肤癌、白血病等疾病大面积爆发。同时，因为气温的升高，两极的冰山开始融化，海平面持续上升，原本位于低海拔地区一些大都市相继成为水乡泽国，人们被迫往内陆高海拔地区迁移，但是高海拔地区受到的辐射更强，死得更快！人类陷入了两难境地。
当然，人类绝不会坐以待毙，在这个时候，人类抛开了人种、国家和政见的芥蒂，团结到了一起，无数人自发的走上街头，顶着致命的辐射维修各种交通工具和通讯工具，人们在临时政府的安排下开始有计划的把各种重型机械运到深山老林里，开始挖掘山体，构建地下都市——这是目前人们能想到的最好的渡过这次大灾变的办法。终于，当一切尘埃落定，最后一名地球人走进地下城，关上厚重的隔离门时，已经过去了整整30年，地球人口总数也从大灾变之前的187亿锐减到了25亿——这一年，是公元4080年。同时，这一年也被称为“黑暗元年”。
为什么这一年会被称为“黑暗元年”呢？因为接下来的一千多年，便是被史学家称之为【黑暗千年】的时代，第一是因为人类移居地下后，从此不见阳光；第二是因为在阴冷黑暗的地下城，资源匮乏，民不聊生，人类内心的黑暗面被无限放大，人们为了争夺一点点可怜的食物便不惜大打出手甚至杀人越货。无能的临时政府根本掌控不了局势，一开始政府还尝试着打击犯罪，安抚民心，到后来根本不闻不问，甚至为了巩固自己的统治与黑社会相互勾结，政府官员大多抱着这种心态：反正都这样了，干脆今朝有酒今朝醉吧！抓紧时间享受，这才是王道啊。
转机发生在公元5332年，这一年又有多人被判处了流放，因为地下城寸土寸金，不可能造很多的监狱给犯人住，而死刑又早已被废止，所以当时的法律规定，犯了罪的人，只要不是罪大恶极的，先关进监狱反省一年，一年内表现良好的就能获释；如果表现不好，那每年的12月底，这些人就会连同那些“罪大恶极”的罪犯一起被判处流放——由实枪荷弹的军警把这些人全部押送到荒凉的地表上去，任由他们自生自灭。根据以往的经验，这是非常方便有效的“处理手段”。
但是这一次，政府失算了，这多人被流放到地表上以后，最终有3000多人在残酷的环境中存活了下来，并且在往后的多年内持续吸纳被流放的罪犯，在地表成立了一个新的政府！地下城的政府把这个新生势力视为眼中钉肉中刺，但又无可奈何：现在的地球表面充斥着高剂量的辐射，除了沙漠和高山雪线以上的范围内，其余的地方包括山脉和峡谷中布满了各种变异植物，而无数凶残可怕的变异生物就潜藏在这连绵不断的森林里……派部队上去硬刚？不可能的好吗。还是待在地下，享受人生吧！
与醉生梦死的地下城的人们相比，在地表的人们为了生存，是拼尽了全力。这些“罪大恶极”的人中，真正的坏人只是其中很少一部分，大多数人是因为反对政府的黑暗统治而被流放的义士。他们到了地表上以后，为了建立一个能提供基本保障的生存区披荆斩棘，无数人为此付出了生命的代价，一方面要抵御高温、严寒和辐射等自然灾害，另一方面还要抵御野外生物的骚扰。这一批被流放的5万多人，在损失了多人的情况下，他们才建立起了第一个小村落；在又损失了多人的情况下，他们才获得了周边那些生物的认可——地表的那些“原住民”在抛下数万具尸体后得出了这些“新来的”不好惹的结论，随后便尝试着与这些新邻居和平共处——这是自然选择的结果。每种生物在遇到竞争对手以后都会通过争斗来确认双方在食物链中的地位，如果确认对方也是属于食物链顶端的存在，便会合理的分享领地，而不会去选择把对方灭掉，自己独享领地——要是这种动不动就要灭族的情况存在的话，非洲大草原上将不可能有猎豹、鬣狗等多种多样的食肉动物，而是狮子一统天下了。再说了，地表上的生物在经历过大灾变以后，有一部分生物已经进化出了智慧，它们觉得可以与人类合作，所以作出了这种选择。也许你会觉得惊讶，人类用了五十万年才做到的事，怎么它们用了几千多年就做到了？原因就出在大灾变上。大灾变之后，原本居住在地球上的所有生物在高能粒子、X射线和γ射线的照射下，基因突变率翻了几十倍，这等于强行把生物的进化速度拨快了几十倍！高变异率带来了两个影响，一是后代的高死亡率，二是后代的高进化率。物竞天择、适者生存这一自然法则在这时得到了集中体现。所有生物，包括植物、动物甚至真菌等，要么在这轮大灾变后飞速进化，适应环境，得以生存下去，要么就无情的被自然淘汰。反观人类，在移居地下以后远离了危险的环境，没能进一步进化，所以在千年以后仍然不敢轻易踏上地表。而此时地表的某些生物——例如狼和老鼠等已经进化出了一定的智慧，在地面上构建起了村落的雏形。这些生物在发现有“新来的”和他们抢地盘以后，便指挥它们的手下发起了攻击。请注意，这些地表上的“原住民”发动的攻击并不是为了杀死这些新来的，也不是为了取得食物——毕竟在他们眼中，这些长得奇形怪状的生物也不一定好吃。而是为了确定这些外来者在食物链中的地位，如果这些新来的战斗力一般，在食物链中的地位不高，他们也不介意杀光他们，抢回自己的地盘；如果这些新来的战斗力足够强，和它们一样都是位于食物链最顶端的那一层，那他们会考虑与他们和平共处甚至合作，毕竟，在这种危机四伏的恶劣环境下，能多结交一个朋友总比多招惹一个敌人强——当然，被流放的新人类也是这么想的。
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