部队编制直接用的班、排、连、营、团、师、军、战区（部队规模暂不需设置旅），战区为司令，其余皆为长。一个班加班长11人，一个排3个班加排长和5名排直属警卫、3名伙头兵计42人，往后都是三三进制，以此类推。不过区别就是连队出现文职人员，营出现随军医士，团以上均有独立作战单位，如独立骑兵营、工兵营、弓箭营、伙头营，医护营，后面的师、军同此例。估算下来，以纯战兵为例：一团为1715人，一师为5546人，一军则为人。
士兵与中低级军官之间不以盔甲样式及颜色区分，以章区分，此章刻于头盔、左右臂、铠甲前后，一目了然很好区分（当然，为了不泄密就不描述这章是一毛二还是几毛几了），盔甲后部章有士兵姓名及编号、队伍番号、籍贯等信息，为了方便阵亡统计。而高级将领则以铠甲样式、颜色加章区分。连以上设旗，以旗为番号，当然师以上部队均是旗鼓号齐备。
后续练兵的重点是下级绝对服从上级命令，如此战场上部队打散，就近找比自己军衔高的长官汇合，如此汇聚，最终以在场最高军衔长官命令为准。
设置士兵退伍年限为十年，服役期间军属家庭额外分配永业田20亩，免税五年，后五年减半，退役后归兵役处协调户部安置。
阵亡将士归属烈士，由工部建烈士陵园及纪念碑，礼部征得家属同意后统一将其迁入烈士陵园，并给其家属颁发烈士之家匾额。
烈属由后勤保障处进行抚恤金补偿，户部进行后续补助，补助主要在于田赋全免二十年，二十年后永久减半，烈属优先享受置换田地、子女就学、从军、安排工作等。如烈属无劳动能力，户部为其牵线或直接帮其将永业田出租，田租按年交付；同时按当地平均收入负责每月补贴钱粮，粮食比例不得低于一半，烈属子女供到十八岁，老人供到去世为止。
从入陵园、抚恤到后续补助全程由兵役处烈属科专门监管，各地设举报点，由安全部暗处配合，发现一处，上报处理一处，如其玩忽职守，由暗处上报军机处解决。
行政上与此时不变，唯一的区别就是加设乡长，比照科级，将各村划归进乡里，加强各县与村之间的管理，由于人员不足，各村暂以村老管理。
共济会人员设置：会首一名兼最高行政长官，三副会长各自负责三省之一，各部部长均为共济会长老团成员。所以安全部弹劾会首就相当于副会长在会内要求长老团以上成员进行弹劾表决。
同时硬性要求行政科级以上、军队连级以上，主官必须为共济会会员。会员分铁牌、铜牌、银牌、金牌、钻石会员五级，会首不在此列，副会长自动升为钻石会员，各部长为金牌会员，其余人等会内等级均靠功勋点。
共济会组织结构分三司：
功勋司，就是会员功勋统计，等级升降判定，各级会员待遇制定，由吏部部长兼任，下设行政科、军事科、民科对应各级会众。
会务司，主要就是共济会各种会务处理，由副会长兼任，暂设裁决所、秘书处、宣发处、人员组织处。裁决所只负责会内事务判定，如会员犯其他问题则转交刑部判决处或军部军事审判庭。秘书处负责所有长老团以上官员配备的秘书管理，机要秘书科只负责会首。后两个一个是宣发发动、一个是人员调配考评，很好理解。
警备司，就两个部门，一个是会首直属的三千人加强骑兵团，称为警备团；一个是侍卫营，五百人，负责会首及其家眷出入行安保工作，两个部门全员必须为共济会成员。
当然，吴有用说到这，强调会规必须加一条：会首在弹劾期间不得使用警备司武力铲除异己，如有此行为，所有会员人人得而诛之。弹劾程序启动，警备团军权必须移交军部，并由军部军机处抽调五百人与侍卫营共同负责会首安全，直到弹劾程序结束为止。
最后，也是最根本的：后续占领的所有无主土地均收为共济会公有，土地在共济会占领区不准私下买卖，只能在官府的引导下进行置换或以市价卖给官府，由官府再分配。
流民安置50户为一村，推举德高望重之老者为村老进行管理，10村为一乡，共济会设乡长。每户按人口分配土地，每口人分得土地5亩，共济会提供种子、农具给各流民家庭，耕牛尽量确保每村5头。三年免除一切赋税和劳役，种子与农具按统一价格折算铜钱，当年收成的十分之一折钱抵债，未还完，来年继续，还完为止。
日后税制改革，全部取消田租、算赋、口赋，甚至徭役，将田分为上、中、下三等，每等定价几钱，按田亩数收取即可，不再以粮帛等实物缴税。户部设立储粮处，对百姓手中多余粮食进行收购，商业部议价处定价，不得谷贱伤农。
日后所有共济会会员无薪酬，但功勋点作为升迁的主要依据。户部设薪资处、军部后勤保障处设饷银科，自小兵往上至会首，均按职务领取基本薪酬，奖励另算。以前徭役均改为雇佣制，由薪资处核算，户部财务处拨款。
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