朱由检即位后，尊她为“懿安皇后”。明朝灭亡后，张嫣自缢而亡。
她的贤德和勇气受到后人的敬佩，在百姓中也有着极好的声望。例如，李自成的部将李岩攻入北京后，第一个要保护的就是张嫣，令宫女扶她上座，行九拜之礼，并令人护卫。
虽然张皇后并非朱由检的生母或养母，但在皇家礼法和维护皇室尊严方面，善待皇后是一种必要的政治姿态和道德责任，有助于稳定宫廷秩序和朝廷局势。
朱由校逝世后，魏忠贤等人秘不发丧，等到第二天才向众臣宣布消息，并派太监涂文辅等人迎接朱由检入宫。朱由检十分谨慎，在袖中藏食物入宫，不敢食用宫中的食物。
晚上，他秉烛独坐，看到一个宦官佩剑经过，便叫来这个宦官，许诺给他赏赐，把剑留在自己的桌上。深夜，朱由检听到宫中巡夜人敲梆的声音，便传令光禄寺，命光禄寺准备酒食，赏赐给巡夜人，众人欢呼。八月二十四日，朱由检即位，大赦天下，以第二年为崇祯元年。九月，追谥生母贤妃为孝纯皇后，册封周氏为皇后。
魏忠贤（1568 年 - 1627 年 12 月 11 日），河间肃宁人，本叫魏四，是当地无赖。万历年间入宫，改名李进忠，天启初年恢复魏姓，被天启帝朱由校赐名忠贤。
明熹宗朱由校在位时，魏忠贤与明熹宗乳母客氏勾结，深受宠信。他虽不识字却被任命为司礼秉笔太监，清除异己，打压迫害正直之士，与东林党展开党争，成功后大肆迫害东林党人。
众多官员为求自保或晋升纷纷讨好奉承，他被称为“九千岁”。其党羽众多，势力遍布朝廷上下。魏忠贤还在税收上压榨百姓，使明朝统治腐化加重，激化阶级矛盾，影响经济社会发展和军事边防，加快明王朝的倾覆。
崇祯帝即位之初，政权被阉党把持，当时的内阁辅政大臣如黄立极、施凤来、张瑞图、李国普等人，要么谄附魏忠贤而上位，要么得到其奥援。
崇祯帝深知魏忠贤阉党势力的危害，决定铲除以巩固政权。即位之初，他不动声色，表面尊重魏忠贤及其党羽以稳定局势，暗中观察并收集罪证。
天启七年（1627 年）十月以来，大臣陆澄源、钱嘉征等人陆续向魏忠贤发起弹劾，列举了魏忠贤的十条罪状。魏忠贤得知后，在朱由检面前哭诉，朱由检命内侍当庭朗读钱嘉征的奏状，让魏忠贤跪着聆听，魏忠贤十分恐慌。
之后，魏忠贤以生病为由，请求辞职，朱由检批准他回家养病。其后，朱由检将魏忠贤贬谪至凤阳（今安徽滁州附近），又以其身边多有身带兵刃的亡命之徒、疑其有反叛之心为由，将其逮捕至京，魏忠贤得知后，自缢而死。朱由检又逮捕其党羽，或处以死刑，或发配充军，铲除了阉党势力。
崇祯元年（1628 年），崇祯帝举行枚卜大典，增补了钱龙锡、杨景辰、来宗道、李标、周道登和刘鸿训六位内阁大学士。其中李标、钱龙锡和刘鸿训算是清流人物。后来，随着阉党势力清除，原内阁成员如施凤来、张瑞图、李国普、来宗道、杨景辰、周道登等人先后去职。李标曾担任首辅，后韩爌复出，李标主动谦退。韩爌是明末政坛重要人物，四朝元老，三朝辅臣，两度出任首辅。
崇祯帝在位期间，面临内忧外患的严峻局势。为了迎击后金，崇祯元年（1628 年），朱由检将袁崇焕任命为兵部尚书兼右副都御史，命他率兵前往辽东前线，抗击后金。
崇祯二年（1629 年）十月，后金大汗皇太极南下进犯，兵临北京城下，朱由检命袁崇焕率兵回防，守卫京师。但不久，大臣温体仁上书弹劾袁崇焕通敌，朱由检信以为真，再次召见袁崇焕，责问他擅杀毛云龙、战事不利等事，命锦衣卫将他逮捕，其后又判处袁崇焕死刑。
崇祯年间，由于小冰河期发展至高峰，导致干旱、蝗灾频繁，粮食歉收，造成了“民穷财尽”的局面。
西北地区和中原受灾尤为严重，百姓流离失所，社会矛盾日益激化，叛军四起。朱由检曾采取多种措施试图缓解旱灾，崇祯三年（1630 年）四月，因天久大旱，朱由检搬至文华殿居住吃斋，并命百官修身反省。
崇祯七年（1634 年），减免了登州（今山东蓬莱）和莱州（今山东莱州）两个受灾地区的欠缴赋税，又向陕西、山西发放钱币，赈济灾民。此外，朱由检还多次在宫中祈雨，但他的措施未能改变全国多年灾荒的颓势。
据史料记载，崇祯年间，江南地区的赋税增加了三成，而北方灾区的赋税更是翻倍。另一方面，朱由检削减了宫廷的开支，甚至连自己的用度也尽量节省。然而，这些努力对于庞大的军费开支来说只是杯水车薪。
朱由检多次调整部署。他曾大力支持孙传庭组建新军，期望能一举平定农民起义。孙传庭在陕西练兵，一度取得了显着的战果，多次击败李自成的部队。但由于朝廷催战，孙传庭仓促出兵，最终兵败身亡。
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