但另一方面，不少政治人士被逮捕下狱。期间，强制清除在德里的贫民窟，令数十万计的人民流离失所，数千人被杀。进行强制性绝育政策，被迫接受绝育手术的主要是底层穷人。警察们封住村庄，村里的男子被硬拉到手术台上，据统计，一年内就有620多万印度男子做了绝育手术。虽然初衷是好的，但英迪拉过于强硬的手段引发了民众极大的不满。
1977年，英迪拉倡议印度再举行大选，由于其受欢迎程度比先前预估的为低，结果于同年3月的大选中遭受惨败，而她出乎意料地自愿辞去总理职务。此时，英迪拉竞选人民院议员也告失败，同年12月，她宣布退出国大党工作委员会。
六、转败为胜
在1977年的大选中，人民党获得大胜，而英迪拉的长期政敌德赛则成功登上总理宝座。印度人民由于依然面对着艰难的生活，故此开始对执政的人民党不满。英迪拉则发表公开讲话，为国家在紧急状态时所犯下的错误道歉，试图重新建立起自己的形象。
不久之后，当时的总统雷迪下令解散国会重选，而英迪拉则在当时撤回她对辛格的协助。重选后，英迪拉获得大胜，于1980年1月14日又一次就任印度总理，兼国防部长，计划部长和原子能部长。但英迪拉的手段却依然强硬，对权力的欲望也更加强烈。
她比以前更偏执、更多疑。除了亲生儿子，她不再相信任何人。她千方百计地为小儿子铺路，想让他成为自己的接班人，小儿子飞机失事后，她又将全部希望寄托在大儿子身上。英迪拉的独断专行使得执政党完全被她所控制，也为后来她被刺身亡埋下了伏笔。
七、遇刺身亡
在20世纪80年代初，印度国内局势动荡不安，突出反映在中央和地方矛盾的加剧。地方政党如雨后春笋般地发展壮大，地方分离主义势力也此起彼伏。为了保障国家的统一，英迪拉决定加强中央的权威，采取中央集权的做法，削弱地方势力，但是这些做法没能缓和中央和地方的矛盾，反而加剧了紧张形势。
其中最令英迪拉头疼的是旁遮普地方分离主义运动。以贾奈尔·辛格·宾德兰瓦勒为首的锡克教原教旨主义势力，自她初任总理时，便在旁遮普地区不断制造暴力事件，甚至要求建立独立的国家——卡利斯坦。国大党政府与宾德兰瓦勒进行了数次谈判，但是效果不佳。
锡克教极端主义势力在1983年先后制造了一系列针对印度教徒的暴力袭击事件。当时，占全国大多数人口的印度教徒希望政府保障他们的安全，而英迪拉为了在大选前树立起自己的形象，遂于1984年6月6日发起“蓝星行动”，出动印度陆军攻打锡克教的圣地金庙，击杀了宾德兰瓦勒。这次事件造成646人死亡，4712人被拘捕。而伤亡者和被捕者都以锡克人为主。这次军事行动虽然镇压了锡克教极端主义势力，但被锡克教徒认为是政府对圣地的亵渎以及对锡克人的屠杀，所以某些锡克极端分子便扬言要杀死英迪拉报复。
当时，总理府的安全顾问曾提议英迪拉撤走在她身边的锡克教人士，但英迪拉为免印度教和锡克教双方矛盾加剧而婉拒，这就为她的死亡种下了祸根。
1984年10月31日上午近10时，英迪拉吃过早饭后，离开她在新德里的寓所，步行前往政府大厦南区的总理办公室会见准备采访她的英国演员彼得·乌斯蒂诺夫。在走到便门口时，英迪拉遭到她的3名锡克教警卫中的两人（本特·辛格、萨特万特·辛格）轮流开枪射击（事后的尸检指出，她身上的枪伤多达30多处，分别由一把左轮手枪和冲锋枪造成）。
警卫随即投降并被捕，其中一人当场被赶来的卫队士兵开枪打死，两人负伤后被关到提哈监狱，之后被绞死。
随后，英迪拉迅速被送进全印医学研究所进行紧急抢救，终因伤势过重，抢救无效，于当地时间下午2时20分逝世，享年66岁。
英迪拉遇刺身亡的消息传出后，全国掀起了反锡克教徒的暴动，一些印度教徒高喊“英迪拉·甘地是我们的母亲，而这些人杀了她”的口号，在德里持续暴动数日，不少锡克教徒在这场混乱中被杀死或无家可归（死亡数目估计在3000到人之间）。同年11月3日，印度政府为英迪拉举行国葬，60多万的送葬队伍几乎使灵车无法通行。下午3时50分，她的葬礼在甘地陵所在的亚穆纳河畔按印度教的传统仪式进行，她的遗体被火化。火葬地点被称为Shakti Sthal，其中还立有一块纪念碑，以示纪念。
八、与中国关系
经历了对同中国对抗而损害了印度利益的长期反思之后，英迪拉在20世纪70年代中期派出了印方率先撤回的驻华大使。
总的来说，她一如既往地坚持印度一向奉行的原则：赞同中国在西藏和台湾问题上的立场，支持中国重返联合国。不过双方仅就经济、文化领域的合作签署了几项协议，实施了代表团和专家级互访，关系没有实质性的变化。在英迪拉执政的后期，印中关系得到一定程度的改善。
2020年，英迪拉·甘地被美国《时代周刊》评为100位影响世界的伟大女性中1976年的“年度女性”。
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