第二卷结尾，准备启程的游楚和十代，包括饼图七皇们，大家都看到了在舞台中杀死绫小路的红影小蓝，和风堂须弥趁机录下她的容貌向拯救军散布小蓝是boss的谣言，为后面的各种猜忌埋下伏笔。
第三卷饼图组织boss是第二卷末搞事的和风堂须弥，同调七皇，是个更复杂的人物。133章里同样提到了他和拯救军关系有紧密联系，并且他还是红影小蓝的人，超主流组织的一员。这一卷的主题是“被误会的决斗王”。
相比较而言，历代男二与男主的关系中，游星和杰克的开局关系是比较紧张的，因此和风堂须弥这一卷的任务就是各种挑拨离间，让整个团结的5DS分崩离析，并且因为红影小蓝的出现，和风堂散布小蓝在烙印剧城的影像还有游楚各种黑化的视频给拯救军，于是拯救军内部发生矛盾，让游楚交出小蓝审判，游楚为了保护小蓝被迫和拯救军决裂，成为独狼。
这时候游戏，十代都在稳定DM世代和GX世代的局势抽不出空，游作失踪，游星也被5DS猜忌，离开领导岗位，游马和游矢自顾不暇，拯救军群龙无首，被饼图组织暴打。
第三卷里充满了各种猜疑和不信任，游楚的主要敌人从对付饼图组织变成了拯救军和5ds的人物们，但最终绫小路的训练让他没有那么容易就放弃，于是开始寻求和被孤立的不动游星合作，两个人通过暗印篇等5DS动漫里比较经典的篇章挽回信任，这一卷就是游楚和不动游星两个被孤立的决斗王取回大家信任的故事。
这一卷的重要支线是藤木游作被左轮救醒，参访了男二联盟和自奏哥哥朗基尔苏里研发的对应“神星树系统”的“星遗物系统”，进入“星遗物世界观”，同时认识了被赤马零儿选中的游楚现世的对手男二（第一卷末尾提到），参与“星遗物系统”开发的男二只有技术力比较高的左轮、海马和赤马零儿。
游作在左轮和星遗物系统的帮助下将Ai酱的数据重新恢复，并且在结尾登场，宣布真正的boss小蓝不是游楚身边的小蓝，指出真正的对手是制造饼图组织的红影小蓝领导的超主流组织，一锤定音，游作回归，宣布和左轮联手，将星遗物系统作为神星树系统的外围屏障，开发新的联盟系统，两大卡图剧情的系统正式融合。
全世代的抗战联盟正式结成。
游作的回归公布了第一卷结尾左轮让他调查的东西，就是最终boss不是目前的小蓝，而是一个独立意识的红影小蓝。
在第一卷末尾，秘旋谍博士回想【玩具罐】里没有超S级的决斗精灵，超S级的精灵是游楚自己说的，说明小蓝这个决斗精灵原本是不存在的。
左轮让游作调查的东西就是现世中小蓝这个决斗精灵的身世。
游作调查到的是，现世里的游戏王卡里已经没有小蓝这个精灵。因为绝对不会被投入决斗构筑中所以也没有人在意，没有使用价值的游戏王卡就会视作废卡，不会被复刻，全世界虽然开着小蓝的玩笑，但是小蓝这张卡却不受重视，被废弃，丢掉，各种原因损坏，全世界只有喜欢研究游戏王的游楚拥有最后1张【洗衣龙女·半龙女仆】。
而被轻视，讽刺，嘲笑强度的最后1张小蓝卡集合了所有被遗弃的卡片怨念化为了表暗的两种形态，暗小蓝就是红影小蓝，企图控制游戏王中的强度卡组将那些超过她的卡片全部毁灭重新塑造决斗世界。红影小蓝复活了光之伊格尼斯，策反了【秘旋谍 双重冒牌货】，并且为dt世界的神星树注入病毒，这就是102章游作说的在他访问神星树时神星树已经出现了故障。
光之伊格尼斯和【秘旋谍 双重冒牌货】通过控制现世Ai系统制造了车祸，并且将神星树提耶拉中的【影依的原核】放在游楚的卡盒中，让游楚黑化，制造了饼图的七皇，开始了对决斗世界的重塑。
在第一卷末尾伏笔中，还写了游楚前世的对手男二，神星树神数的第九神选士，星遗物系统的星键士，被赤马零儿选中，带着灰流丽精灵进入决斗世界，最后是集合世代男二的龙族卡使用龙link卡组，主要作用是在第三卷游楚被拯救军孤立时帮了他一把，因为前面塑造不多后面就没出场的机会了，其实是个重要人物，很可惜。在命运的十字路口车祸事件中，他也在其中一个十字角出现。
游娜前面写的挺多的，神数的第七圣选士，Z4世代拯救军的领导者，神灭计划的开发者，是游楚前世决斗的启蒙者兼青梅。他前世的表哥就是超量七皇八神真的前世，所以第99章八神真说把游娜当做自己的妹妹看，并且她也目睹了十字路口的车祸。第四卷当然是想写一下她和她哥的对角戏，可惜也没机会了。
来自现世的神数圣选士们正是当时十字路口目睹车祸的四个人，游楚，游楚的对手，游娜，第十圣选士是十字路口最后一个角的目睹者，但是这个角色还没完全设定好，主要是A5的剧情还没想好怎么编。
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