但纺织厂里的日军仍然没有完全被清除，残存的几个士兵退到了地下室继续用步枪朝楼梯口射击。
与此同时，在哈尔滨市区西侧的另一处战场上，日军一个步兵大队正据守着一座被改造成临时指挥部的旧仓库，与苏军伞兵的一个营展开了激烈的拉锯战。
日军大队长蹲在仓库二楼用望远镜观察苏军的推进方向，发现苏军正在向平房区方向集中兵力，当即下令部队用掷弹筒朝苏军集结位置猛烈轰击。
掷弹筒的榴弹在空中划出弧线，落在苏军伞兵临时挖出的散兵坑之间炸开，几个正在往前推进的苏军士兵被弹片击中倒地，卫生兵从掩体里冲出来拖着伤员往后撤，又被下一轮掷弹筒炮弹的冲击波震翻在地。
苏军营长蹲在一辆被击毁的卡车残骸后面，对着电台呼叫后方炮火支援，将仓库坐标报给了迫击炮连。
几分钟后，几发82毫米迫击炮弹精准地砸在仓库屋顶上，将仓库二楼炸塌了一半，日军大队长被压在倒塌的屋顶结构下当场阵亡。
但仓库里的残存日军没有投降，他们退到仓库底层继续朝苏军射击，直到被逐一清除。
最激烈的战斗发生在平房区西北角的731总部外围。
日军在这里部署了一个完整的步兵大队，外加一个工兵中队和若干高射机枪小队，将总部周围的围墙，岗楼和附近的几栋建筑全部改造为防御工事。
石井四郎在得知苏军空降哈尔滨的消息后，早已命令手下将所有实验记录和细菌样本分类装箱准备运走或销毁，同时让工兵在总部周围埋设了大量地雷和炸药。
但苏军伞兵的进攻速度远超预期，机场被占领后，石井四郎的最后一条空中撤退通道被切断，他只能继续蹲在总部的地下密室里等待援军，而援军已经在哈尔滨外围被苏军伞兵死死挡住。
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