清军不敢在岸边拦截，只能躲到岛屿深处去。
明军水师陆战队因为登陆战的需要，还是以冷兵器为主，火器在登陆的时候容易导致火药受潮，远程武器主要是弓箭。水师陆战队登陆之后，立即取出用油布包裹的弓箭，穿上由辅兵挑上岸的盔甲，向岛屿深处发起攻击。
看到明军离开岸边，深入岛屿内部，离开了岸边的炮火覆盖范围，清兵也变得比较大胆，有人结阵上来拦截。
结果这些清军根本不是精锐的明军水师陆战队的对手，转眼之间就被击溃。
崇明之战打得干净利落，驻守崇明岛的两千多绿营清军除了八百多人被杀之外，其余的都被明军俘虏。
夺取了崇明岛之后，张玉坤向张煌言提议道：“我们不急着进攻镇江等地，应该先稳住崇明岛。我们派人从清军实力虚弱的地方，乘坐小船进入，把一些百姓带过来充当民夫和民壮，在崇明岛上修建工事和城堡。等稳住了崇明岛，我们再向纵深发起攻击。”
“兵贵神速，如此拖拖拉拉，要多久才能打通长江航线？到时候鞑子有了准备，我们就难进入长江上游了！”张煌言问道。
张玉坤笑着道：“张大人，实力决定一切！只要我们有绝对压倒性的实力，就不怕鞑子有准备！在水上，鞑子再怎么准备也不是对手！我们的弱项是陆地上，所以我们不轻易登陆，就利用河网地带同鞑子周旋。”
就在这个时候，有快船来报：“山阴祁家正遭到鞑子进攻！杭州绿营兵都出动了！”
此时，山阴祁家城堡下，清军的尸体堆积成山。杭州绿营一次次猛攻城堡，都被棱堡和城墙上猛烈的火力击退。
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