按照王新宇的战略计划，是彻底击败了李国英，夺取了成都和重庆之后，再用浙军来彻底封锁长江航线，断绝清廷南北交通
。
四川，是西面的关键所在，是长江上游的最佳根据地。夺得四川，再和长江口遥相呼应，然后挥师夺取淮河流域，清廷就只能眼睁睁看着长江航运线被切断。从战略上来说，守江必守淮，淮河和大别山一线是长江的北面屏障，要控制长江航线，必须拿下淮河一线。但除了守江必守淮之外，长江上游的四川也是关键所在。
目前琼州军和浙江都只有水上力量，还不足以完成这个宏伟的战略计划，现阶段的任务是先打通航线，威胁清廷的南北漕运线。等到吴三桂贩卖大量“八旗特供品”被清廷发觉危害，到时候康熙必然会禁烟。吴三桂就必然会造反，那时候再发动大规模反攻。
王新宇并不急，张煌言还是有些着急，想要一口气拿下江宁。这未免有些不太现实。不过张煌言还是听从了张玉坤的建议，拿下崇明岛之后，再求稳步进取，不急着攻打江宁。
农历四月十二日凌晨，闽浙琼州联军三万两千多人。乘坐一千多艘大小船只抵达长江口，云集崇明岛外。
“上次北伐，延平王对崇明岛鞑子心慈手软，放过他们的水师，也没有占领崇明岛。这次我们要吸取教训，必须歼灭崇明岛和吴淞口全部的鞑子水师！”张煌言下令道。
长江口的水极深，清军很难在水下布置暗桩，江面又十分宽阔，也无法布置拦江索之类的障碍物，只有部分水域有水下暗桩和沉船当成障碍物。在张煌言出兵之前。天地会特工和胡德帝的海军陆战队都已经把水下情况探明了。
天色刚刚蒙蒙亮，驻守崇明岛和吴淞口的清军将领就惊恐的发现，江面上出现了黑压压的船队，桅杆就像森林一样，至少有上千战船，其中还有山一样庞大的西式战舰。
明军根据天地会和南洋海军陆战队提供的海图，也不向当地驻守的清军发出警告，直接就冲入长江。
“轰轰”江面上炮声隆隆，一艘艘西式软帆战舰、中式大福船和较大的海沧船吐出一团团猩红色橘黄色的火球，闪烁的火光犹如一排排的闪电从江面上闪过。滚雷般的炮声响起，江面腾起了一道道白色的硝烟。
毫无防备的清军战船都停泊在岸边，遭到炮击之后，清军船只一艘接一艘中弹。实心炮弹砸开了破洞，使得船只进水下沉。被烧红的实心炮弹击中了一些大船，因为船上无人驻守，炮弹点燃大火，在火光中开始下沉。
西式巨舰直冲清军水寨，炮弹下冰雹一样砸了过去。水寨大门四分五裂。
“火攻船上！”张玉坤一声令下。
十多艘子母火攻船从被炮舰轰开的水师大寨水门冲入，船上的明军士卒点燃浇了火油的柴草，火攻船燃起熊熊大火，随后明军士卒就解开子母船的缆绳，乘坐小船撤离。熊熊燃烧的火攻船撞入清军船队中间，腾起冲天烈焰。火趁风威，风助火势，烟炎涨天。来不及解开缆绳的清军船只一艘接一艘燃起大火。一些比较大胆的清兵刚刚上了船，企图驾船逃离，却被一通炮火撵回岸上。
转眼之间，清军吴淞口的水师就全军覆没。
张煌言亲自带着决心号和一批大舰，向江北的清军水师大营发起攻击。
江北水师大营没有水寨门，清军船只都是停泊在岸边码头上
。明军巨舰冲了过来，一轮排山倒海般的炮弹砸来，清军船只就沉没了一批。
橡木结构，船体异常坚固的决心号和几艘巨舰撞入清军船只中间，就像是铁锤砸鸡蛋一样，把清军的小船一艘接一艘撞得粉碎。
解决了江南和江北的清军水师之后，舰队对崇明岛炮台开始了猛烈的炮击。
“贼人巨舰如山，尤以泰西巨舰更甚。海寇至少有大炮万门，射程和数量均在我军之上。顷刻之间，崇明岛炮台便为齑粉。”事后狼狈逃回的崇明岛守将向朝廷上奏写道。
清军崇明岛炮台上的火炮都比不上王新宇铸造的新式火炮，射程远不如明军大炮，结果一上来就被压住打，不计其数的炮弹落下，打得炮台浓烟滚滚。明军还用六级舰改装的炮击舰，向崇明炮台发射大量三十二磅开花炮弹。
炮击舰，是用英式六级私掠船改装成的，这种小船被拆除了一部分舷侧火炮，在船的正中间安上一门三十二磅臼炮，可以用来发射开花炮弹。
除了炮击舰之外，四级舰和五级舰上的短管炮也被王新宇换成真正的臼炮，以猛烈的火力摧毁了崇明岛炮台。
明军水师陆战队乘坐的小船，在大舰的炮火掩护下，向崇明岛划去，发起登陆战。
岛上的清军早就被明军密集的炮火打得懵了头，偶尔有结阵企图负隅顽抗的，都被船上轰过来的炮弹打得粉身碎骨。
陆战队官兵们登上沙滩，披挂上盔甲，向岸上杀了过去。
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