与救治并行的是清理双方阵亡将士的遗体。对于阵亡的唐军将士，士兵们会仔细搜寻战场，尽可能辨认身份、记录所属，然后进行妥善的掩埋或火化，这是凝聚军心、告慰英灵的重要环节。对于夏军阵亡者，则通常采取集中掩埋于大坑的方式处理，有时也象征性地筑“京观”（堆叠尸体封土）以彰显武功，不过史料并未明确记载李世民此战采用了后者。夏军高级将领的遗体会被单独处理。
战场清理的核心环节是清点缴获。李世民将整个战场区域划分成若干区块，指定由不同的部队负责清理。在这些区域里，士兵们在军官指挥下，系统性地收集散落的各类物资，像刀、枪、弓弩、箭矢、铠甲、盾牌等武器按种类和完好程度分类堆放；夏军的将旗、帅旗、军旗等象征物作为重要战利品单独收拢；散落的战马、驮畜被找回，区分能否继续使用；粮草、车辆、营帐、金银财帛以及可能遗落的文件文书等辎重也被仔细搜寻集中。整个清点过程并非随意进行，而是在李世民随军的核心文职幕僚、记室参军（如薛收等人）的统一组织和指导下展开。
记室参军设计并下发标准化的登记表格，由各区域负责的军官在士兵收集的同时或之后，详细记录每一种缴获物资的种类、数量、状态，并在清单上签字画押，确保责任到人。清点完毕的物资，会被运送到指定的临时存放点。武器装备由军器监、甲坊署、弩坊署等专职人员或由军官代管，负责鉴别分类（可用、需修、报废）和初步保管，以便迅速补充部队；粮秣、财帛等非军事物资则由仓曹参军及其属官负责接收、登记、封存和保管，严防私分或哄抢。
当各区域的初步清理和登记工作完成后，信息开始层层汇总上报。各级军官将本部队负责区域的俘虏名册、己方阵亡官兵名单（尽可能详细）、缴获物资清单、装备损耗清单等，提交给记室参军。
同时，负责军纪和俘虏审讯的法曹参军（或由高级将领兼任）会提交对窦建德等重要俘虏的初步审讯报告及处置建议。军医也会提交关于伤员数量和状况的报告。
记室参军则承担起“数据中心”的角色，他汇总、核对来自各方的所有数据，整合成一份详尽完备的战场清理综合报告。这份报告最终呈送到李世民及其核心决策圈（包括房玄龄、杜如晦等谋士和主要将领）面前。报告内容极其详实，俘虏总数及重要俘虏的名单、状况；己方阵亡、负伤官兵的具体人数与名单（尽可能）；敌方死亡人数的估算；缴获的各类武器装备、马匹牲畜、粮草财帛及其他物资的精确清单；乃至清理过程中发生的任何重要事件。
李世民审阅这份报告后，依据战略全局做出最终决策，为了迅速安抚河北、瓦解洛阳守军意志，他下令遣散了大部分被俘的河北籍夏军士兵，仅押解窦建德及其核心集团成员前往长安献俘。清点出的可用装备立即补充部队，粮秣财帛纳入军需，重要象征物封存待献。当战场确认清理完毕，无重大遗漏和隐患后，李世民的主力大军便迅速开拔，回师洛阳，利用虎牢关大胜的余威和精确统计后得到补充的军力，最终完成了统一北方的关键一步。
当时，整个战场清理过程，从控制、收容、救治、清点到汇报、决策，环环相扣，高效严谨，充分展现了李世民及其团队卓越的军事管理和组织能力。
唐军此役共俘获夏军五万之众，李世民于当日便传令将俘虏悉数释放，发给盘缠，遣返回乡。只有黄河的涛声，依旧在不远处呜咽奔流，见证着这惊心动魄、改写历史的惨烈一幕。
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