在成功解决高木警官被绑架一案后，柯南和伙伴们还未来得及好好喘息，新的风云又起。知名舞台剧女演员牧树里收到了怪盗基德的预告函，她所拥有的珍贵珠宝“命运的宝石”——一枚璀璨夺目的蓝宝石戒指，被基德锁定为目标。令人惊讶的是，这封预告函竟是送给工藤新一的。
毛利侦探事务所接到了牧树里的委托，毛利小五郎毫不犹豫地接下了保护宝石的工作。他戴上老花镜，将预告函平铺在桌面上，仔细地研究每一个字，又结合怪盗基德过往的作案风格，反复权衡后推断基德会在舞台剧演出的最后一天盗取宝石。“基德那家伙，总是喜欢在最关键的时候出手，制造出最轰动的效果，这次也不会例外。”毛利小五郎摸着下巴，自信满满地说道。
演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀来到剧场观看舞台剧。与此同时，工藤夜一和灰原哀也替代受邀的工藤优作和工藤有希子来到了现场。剧场内灯光璀璨，舞台上的演员们正在进行着精彩的表演，华丽的服饰和动人的剧情吸引着观众们的目光。就在众人沉浸在精彩的舞台表演中时，怪盗基德竟大胆地假扮成工藤新一现身了。柯南一眼就识破了基德的伪装，毕竟他自己就是工藤新一只是被灌了毒药而已。可他既要保护宝石，又不能通过暴露身份去拆穿基德，只能紧紧地盯着这个假工藤新一，一刻也不敢松懈，他的眼神仿佛能洞察基德的每一个意图。
舞台上的剧情逐渐走向高潮，演员们的表演愈发投入，台下的观众也看得如痴如醉。而台下的柯南神经却紧绷到了极点，他的手心微微出汗，时刻警惕着基德的行动。就在舞台剧落幕前，假工藤新一突然消失在众人的视线中。柯南立刻追了上去，然而剧场内人群涌动，混乱不堪，人们在散场时相互推挤，柯南在追逐过程中还是让基德逃脱了。就在大家以为宝石已经失窃时，工藤夜一却巧妙地让“命运的宝石”得以保全。原来，工藤夜一早就察觉到了基德的计划，他通过对基德过往作案手法的研究以及现场的一些细微线索，提前做出了防范。在基德动手之前，他就采取了行动，成功守护住了宝石。“哼，想在我眼皮子底下偷走宝石，基德，你还嫩了点。”工藤夜一嘴角微微上扬，露出一丝得意的笑容。
牧树里对毛利侦探一行以及工藤夜一、灰原哀的帮助感激不已，为表感谢，她邀请众人前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有其他几位舞台剧演员。众人欣然接受了邀请，一同搭乘飞机前往函馆。飞机平稳地飞行在高空中，机舱内一片祥和。乘客们有的在轻声交谈，有的在闭目养神，阳光透过窗户洒在人们身上，营造出一种宁静的氛围。
然而，这份平静并没有持续太久，一场精心设计的杀人剧悄然在机舱里上演。一名演员被发现死在了飞机的卫生间里，现场呈现出密室状态，这让整个机舱瞬间陷入了恐慌。乘客们的惊呼声此起彼伏，恐惧的情绪在机舱内迅速蔓延。柯南意识到，自己不仅要时刻警惕怪盗基德再次混入人群盗取宝石，还要解开这起复杂的飞机密室杀人事件。
柯南迅速冷静下来，他宛如一位经验丰富的老侦探，有条不紊地开始勘查案发现场。他蹲下身，仔细观察死者身旁的奇怪粉末，那些粉末呈现出一种奇异的淡蓝色，在灯光下闪烁着微弱的光泽。死者的表情似乎也透露出一丝惊恐，双眼微微瞪大，嘴唇微微张开，仿佛在临死前看到了极其可怕的东西。同时，卫生间的门锁有被破坏的痕迹，但却不像是强行撬开的，锁芯处的划痕十分整齐，像是用一种特殊的工具造成的。柯南在周围寻找线索时，还发现了一枚不属于死者的纽扣，纽扣材质看起来颇为高档，上面刻有精致的花纹，应该来自一件昂贵的衣物。
工藤夜一则在机舱内四处询问其他乘客，试图从他们的口中获取一些有用的信息。他穿梭在狭窄的过道中，耐心地与每一位乘客交流。他了解到，死者生前与同剧组的一位演员曾有过激烈的争吵，原因似乎是关于角色的竞争。那位演员一直渴望出演主角，但死者却凭借出色的演技和人脉关系获得了这个机会，两人为此产生了极大的矛盾。而这位与死者争吵的演员，在案发后神情显得格外紧张，一直低着头，不敢与他人对视。
灰原哀凭借她的专业知识，对现场发现的粉末进行了初步分析。她从随身携带的小型检测工具中取出一个特制的试管，小心翼翼地收集了一些粉末，放在显微镜下观察。她推测这些粉末可能是一种特殊的药物，或许与死者的死亡有着密切的关系。从粉末的分子结构来看，这是一种人工合成的毒药，毒性极强，只需微量就能致人死亡。她还发现，死者的伤口并不像是普通凶器所致，更像是某种带有毒性的暗器造成的，伤口周围呈现出一种奇怪的黑色，这是毒药侵蚀的痕迹。
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