在入侵木叶的一战中，大蛇丸的双手被三代火影拼死封印，无法结印使用忍术，身体也濒临崩溃，只能依靠药物缓解手臂腐烂的痛苦。他曾求助于曾经的同伴、当代医疗忍术最好的忍者纲手，以复活她的弟弟与爱人为条件，希望她给自己治疗，但纲手拒绝了。面对这个背叛木叶、杀死恩师的男人，她的眼里只有杀意。
两人间直接爆发了战斗，随后自来也赶到，曾经的木叶三忍，此刻已成宿敌。起初残疾的大蛇丸和晕血的纲手、被下药的自来也战了个旗鼓相当，但后来纲手克服了晕血的弱点，自来也也恢复了状态。尽管冒险通灵出暴躁的万蛇，但以一敌二，大蛇丸很快败走。此时他只剩一条路可走了，就是尽快进行转生仪式，获得新的身体。
大蛇丸原本将君麻吕视为自己的转生容器，作为大筒木后裔的辉夜一族幸存者，君麻吕拥有堪比千手一族的仙人体质，同时自愿献出身体，本是完美人选。可惜由于先天疾病，君麻吕活不了多久了，大蛇丸只好选择了宇智波佐助。现在他的身体已至极限，转生计划也不得不提前，于是派出音忍五人众，让他们立刻把佐助带来。
此时佐助刚刚见过鼬，复仇的欲望正盛，明知大蛇丸是想占有他的身体，他也在所不惜：“现在的我和大蛇丸，都无法打败鼬。但如果把我的身体给大蛇丸，就能有足够的力量，这条命要多少给多少！”于是佐助主动跟着他们前往大蛇丸的据点。
但由于路上接连遭遇了木叶的特别上忍，以及鸣人、我爱罗小队的拦截，他们耽误了太长时间，大蛇丸残破的身体实在坚持不住了。结果等佐助姗姗来迟的时候，他已经转移到了临时选择的路人身上，转生术也进入了长达3年的冷却。好在大蛇丸不缺时间，为了美好的未来，他愿意等这三年。
三年过去了，大蛇丸把佐助视为下一个自己，自然是悉心培养，于此同时，也在关注着晓组织的动向。大蛇丸虽然曾是晓的成员，但从始至终都没有忠于过晓，甚至一直想灭了晓。依靠安插在蝎那里的双面间谍药师兜，他们将蝎引诱至天地桥，想要将其干掉，但大蛇丸万万没想到，就在数天前，蝎已经被干掉了。直到兜发起偷袭，他们才发现，这个蝎是木叶忍者假扮的，而且来的人中还有九尾人柱力，鸣人。
大蛇丸饶有兴致的想测试一下鸣人的实力，看看三年来在自来也的教导下，他和佐助谁变得更强了。不过鸣人见到大蛇丸后怒不可遏，直接暴走，进入了四尾状态。四尾状态的鸣人已经没有了自我意识，连皮肤都被蒸发，已然是个小型九尾，之前自来也为了制服这个状态的鸣人，付出了不小的代价，而大蛇丸此时的状态并不好，虽然通过转生复原了双手，但忍术并没有恢复，通灵出的三重罗生门只能刚好偏移尾兽炮，草薙剑的攻击也无法刺破对方的外壳，临时过渡用的身体更是产生了排斥反应，大蛇丸只好撤退。
这时佐井出现在他面前，原来佐井是团藏的部下，此次与鸣人一同前来，是奉了团藏的密令，他带来了一份木叶暗部的详细资料作为见面礼，希望与大蛇丸联手再发动一次木叶入侵。大蛇丸没有明确表态，只是对兜说：“把这些人做成暗杀名单。”这时鸣人等人跟踪过来，他们希望能够找到佐助。不过大蛇丸的据点复杂得像迷宫，他们只好先找到了佐井，在鸣人的嘴遁攻势下，团藏一手带大的佐井被感化，不但反手制服了兜，还帮他们找到了佐助。可惜佐助已经今非昔比，如果说以前还是天真的在友情与复仇间抉择，那么现在他已经彻底想通透了。他直接承认了与鸣人间的感情，并表示为了专注于复仇，今天就要斩断这羁绊。
九尾，十尾九只尾兽中查克拉能量最强大的尾兽。拥有十尾尾兽百分之五十左右的查克拉能量。在火影原创动漫中，九尾第一代人柱力为六道仙人，而后六道仙人的儿子阿修罗成为九尾人柱力。阿修罗之后，忍宗分裂成不同的家族，其中旋涡一族的族人继承了六道的查克拉，因此旋涡一族世代为九尾人柱力。每一代族人死亡之后，立即替换人柱力，将九尾一直囚禁到宇智波斑时代。
因此九尾既是九只尾兽中查克拉能量最多的一只，也是最痛恨人类的一只。因为九尾成长过程中，除了成长初期之外，根本就没有离开过人类，始终被人类所束缚。到了鸣人时代，鸣人出生的那一天。当带土将九尾放出来之后，九尾一看到人类就发动了最强的尾兽玉攻击。这个时候，继初代火影和二代火影之后的木叶第三位英雄就诞生了。
四代火影波风水门出场后，用旋涡一族最强封印术结合飞雷神之术将九尾的尾兽玉完全转移，再经过带土一战，方才回到九尾所在之处，对九尾展开封印。之后经过一系列苦战，九尾彻底的被封印，不过四代火影水门也丧生在了九尾的爪子之下。其实，关于九尾被封印的情节，很多人表示不理解。四代火影水门既然有能力将九尾的尾兽玉转移，那么一定有能力在九尾发动第二颗尾兽玉之前，在九尾的身上做好标记。然后用九尾的尾兽玉将九尾自己击成重伤，甚至彻底干掉分散成更小的查克拉都是有可能的。
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