民用医疗普及计划稳步推进的同时，另一项看似“务虚”、实则关乎文明记忆与认同的重要工作，也在木叶高层和总院相关部门的推动下悄然展开——那便是对因姜云清到来而彻底改变的火影世界时间线，进行系统性的梳理、记录与“修正补完”。
历史的记录，从来不仅仅是过去事件的罗列，更承载着一个文明对自身起源、发展与未来的认知与定义。云清的降临，如同一颗投入历史长河的巨石，激起的涟漪早已扩散至方方面面，改变了无数人的命运，也重塑了忍界（尤其是木叶）的发展轨迹。旧有的历史记录，从木叶建村到三次忍界大战，再到近期的诸多事件，其中许多细节、因果关系、乃至重要人物的命运，都已与“现在”发生的现实产生了显着偏差。
若放任这种偏差存在，不加整理与说明，长此以往，必将导致历史认知的混乱、传承的断裂，甚至可能引发对现有政权与理念合法性的质疑。因此，在纲手（分身）、卡卡西以及总院理论部的提议下，一项名为“历史修正与补完工程”的项目正式启动，旨在以当前现实为基准，重新梳理、编纂一部能够清晰反映“医道介入后”忍界变迁的权威史书，并对现有档案、教材、乃至民间传说进行有计划的更新与引导。
云清对此表示支持，并亲自为这项工程定下了基调：“尊重客观发生的事实，阐述变革的内在逻辑，明晰医道理念的积极影响，但同时……对某些过于敏感或可能引起不必要恐慌的‘旧历史’细节（尤其是涉及大筒木、神树污染、以及天道层面冲突的部分），进行有限度的模糊化或分层级保密处理。历史的书写，既要真实，也要服务于当下的稳定与未来的希望。”
工程由总院理论部下属的“历史与文献研究所”具体负责，所长是一位年迈但思维清晰、治学严谨的原木叶档案管理员，辅以数位精通幻术与记忆探查的特别上忍（用于核实某些当事人记忆模糊的细节），以及从各家族抽调的通晓古文和秘闻的学者。纲手（分身）和卡卡西担任总顾问，云清则在关键节点提供最高层级的确认和解读。
工程首先从木叶内部开始，重点梳理几个关键转折点：
一、木叶37-38年，姜云清的崛起与二代火影千手扉间遇袭事件。
旧历史（仅存于极少数高层记忆和绝密档案）：木叶37年，二代火影千手扉间率部与云隐AB组合交战，遭磁遁陷阱与雷影偷袭，重伤濒死，后经秘密抢救，情况不明，由三代火影猿飞日斩代理政务，直至纲手继任五代。
新历史（需修正补完）：木叶37年，二代火影千手扉间遭云隐AB组合与疑似内部勾结势力暗算，重伤濒死。关键时刻，身负神秘传承（神农血脉）的医疗天才少年姜云清，以失传禁术“逆命十三针”结合至宝“千年人参”，强行续命，但扉间大人陷入深度生命静滞状态。云清因此损耗十年寿元，其卓越医术与奉献精神震动木叶，获二代火影赏识，亲授飞雷神基础，并引发后续一系列医道改革。纲手公主在其影响与支持下，于木叶38年正式继任五代火影，开启“医道木叶”新时代。扉间大人目前仍在总院深处静滞维护，等待最终救治。
修正要点：突出云清关键作用，明确扉间状态（静滞而非死亡或隐退），将纲手继任与医道兴起直接关联。淡化团藏具体罪行细节（以“内部勾结势力”代指），避免当前政治波动。
二、神树复苏与大筒木入侵事件。
旧历史（民众及中下层忍者完全不知，高层仅知“未知强敌入侵”）：木叶38年前后，发生了一系列异常自然灾害和神秘敌人袭击事件，木叶在五代火影领导下艰难抵御，最终敌人莫名退去，具体细节被列为最高机密。
新历史（分层级记录与披露）：
公开版（载入学校教材及一般史料）：木叶38年，忍界遭遇来自遥远星空的异族（大筒木族）试探性入侵，其力量诡异，能污染大地与生灵。五代火影纲手领导木叶及盟军英勇抗击，同时，医道大宗师姜云清阁下研发出针对性的净化之法与药灵查克拉体系，不仅有效抵御了入侵，更提升了整个忍界的能量层次与环境质量，促使忍界晋升。此战确立了“医道”在对抗未知威胁中的关键地位。
保密版（上忍及以上权限，总院高级研究员可申请调阅）：增加大筒木桃式、金氏名号，提及神树污染能量特性，记载云清联合三大圣地、启用神农鼎、最终击退强敌的具体过程，提及辉夜（嫦曦）的协助及其特殊身份（仅限“来自远古的盟友”）。
绝密版（仅限火影、云清、四圣等极少数核心）：包含全部真相，包括神树起源（被污染的建木）、大筒木寄生文明本质、辉夜真实身份与悲剧、天道善恶念冲突、无量量劫预兆等。此版本作为战略参考，不对外。
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