但在元世祖之时，科举制度虽然确立，却始终未能衬行。
成宗、武宗时，又一再议论贡举之事，也仍然没有结果。
至仁宗皇庆二年十月，中书省大臣再次上奏提此事，仁宗正式决定实行科举。
元廷颁布诏令，命中书省“参酌古今，定其条制”，皇庆三年首行乡试，次年二月会方式京师，同时颁布了科举考试的规定，大致如下:
(1)科举每三年举行一次，分乡试、会试、殿试三级考试。
(2)凡二十五岁以上，乡里称其孝悌，朋友服其信义，通晓经书，德行有素者，经地方官从所辖各族户中推举后，才能有资格参加考试。
如有徇私滥举或应举不举者，监察御史、肃政廉访司都要体察究治。
(3)考试程式:蒙古、色目人第一场经问五条，《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》内设问，用朱熹章句集注，其义理精明，文辞典雅者为中选。
第二场策一道，以时务出题，限五百字以上。
汉人、南人，第一场明经、经疑二问，题目亦从四书中出，并用朱熹章句集注，复以己意经之，限三百字以上;经义一道，各治一经，限五百字以上，不拘格律。
第三场古赋、诏、诰、章、表内科一道。第三场策一道，限一千字以上成。
(4)乡试于八月举行;会试于乡试次年二月举行，殿试于三月举行。同时规定了乡、会、殿试场次、日期、考试内容、纪律及注意事项。
(5)乡试科场、全国共设十七处，从各处选合格者三百名参加会试;会试共取一百人(蒙古、色目、汉人、南人各二十五名)参加殿试、殿试诸生不再为黜落，只以其所对策第分高下，厘定等次，而后分右、左榜唱名公布。
元代科举考试，从仁宗延佑(1315年)乙卯首次举行会试，至惠宗元统元年(1333年)癸酉科会试，其间举行7次，停罢数年之后，于至正二年(1342年)恢复，到至正二十六年丙午科，又举行9次。
有元一代，每科各取左、右状元一人，共取状元32人，进士1139人，以三年一次计，仅占48年，不至元朝的三分之一。
十六科，最多的一科如元统元年癸酉科才100人，最少者如至正二十年庚子科仅只35人。
一个统一的王朝科举取士人数之少，为隋唐以来所罕见。
究其原因，与元朝统治者不把科举考试作为选拔官吏的主要途径，同时又与在即行的科举考试中贯彻民族压迫政策不无关系。
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