同时，土司之间的仇杀成风，不仅使人民生命遭到大量杀戮，消耗了大量的社会财富，也使得原本落后的土司统治区经济生产更加落后。
不仅如此，由于土司制度存在大量旧制度的残余，使得土司地区社会制度的改革发展很缓慢。
中原地区的教育礼法制度在这里发展甚微，广大土民思想意识受到压抑。
经济的落后，贫苦的生活，繁重的徭役，使得农民与土司的矛盾不断激烈，农民起义不断发生。
因此随着明代广西土司制度的不断发展和完善，各种矛盾也随之暴露出来。
表现突出的社会矛盾主要有三种:第一，土司与中央朝廷之间的矛盾;第二，各土司之间和土司官族内部的矛盾;第三，广大民众与当地土司、中央朝廷的矛盾。
这些矛盾往往错综复杂地交错在一起，特别是各土司之间和土司官族内部的矛盾更为复杂多变。
所有这些矛盾，都足以说明当时广西土司地区确实存在着相当多的不稳定因素。
像是土司与中央朝廷之间的矛盾。
中央朝廷与土司之间在权利分配上始终存在矛盾，在统一与割据的问题上，始终存在着控制与反控制的斗争。
土司制度的确立和发展，使封建朝廷对土司地区的控制趋于严密，中央朝廷假手于土官对少数民族地区进行统治的意旨得以实现。
但在土司制度下，大小土司头目，各在自己的辖境内拥有统兵治民的大权，且世代承袭，无异于大小土皇帝。
他们之间为争夺袭位和财物，扩展自己的地盘，经常兵戎相见，杀伐无时。
当他们的势力强大到可以聚兵抗命时，便不服从明中央的管束，甚至举兵叛乱，僭号称王。
明统治者为了加强对广西土司的管辖和控制，采取了许多措施。概括起来主要有如下几条:
1、在土司统治区内设置“流官吏”，名义上是以流官吏来辅佐土司，实际上是用流官来监督和控制土司。
如桂西左右江一带的土州县，明朝廷都设置了“流官吏”来监督土官，结果土司不服管束，加深了土司与流官之间的矛盾。
2、对统治区域较小的土司，明朝廷进行了一些调整，即将部分土州、县、峒进行省并。
如洪武年间，“并那入地，为那地州，授罗黄貌袭土知州”。
不久又将永州长官司、鸾州长官司、延州长官司等并入南丹州。
还把西兰州、安息州、忠州、文州等并入东兰州。
经过调整之后，虽然改变了过去土州、县、峒司设置太滥的局面，但又使一些土司统治范围更加扩大，势力更强，更有力量与明朝廷相抗衡。
3、对于原来势力较强，统治范围较大的土司，明朝廷为削弱之而采用“众建诸侯”的办法，即把土司的统治区域划分为若干小片，每片设置一个土巡检司。
明朝廷这样做的目的，就是为了削弱大土司的权势，然而却引起大土司对朝廷的不满，加深了大土司与朝廷之间的矛盾。
4、为镇压广西人民起义而采取“以夷攻夷”的策略。
明代广西流官统治区的农民为反抗明朝廷的统治而不断爆发起义。
为镇压广西农民起义，明初，明政府曾派遣大量官兵来到广西，可是广西农民起义并没有被官兵所压服，而是官兵杀人愈多，农民反抗愈烈，到了明中期广西农民起义的烈火越烧越旺。
明朝廷深感兵力不足，于是利用土司土兵作为镇压农民起义的主要力量，这就是所谓的“以夷攻夷，策之上也”。
利用土官土兵镇压农民起义之后，为防止农民起义再起，明朝廷又在农民起义的地区设置土巡检司，利用土官土兵来防守。
如万历年间，刘尧诲镇压广西八寨农民起义之后，“复分八寨为三镇，各建一城，而以东兰州韦应鲲韦显能及田州黄冯克为土巡检，留兵一千人戍之”。
由于明朝廷征用土兵来防守地方，从而增加了土司的人力负担，影响土司的考成，造成土司承袭的困难，因此也加深了土司与朝廷之间的矛盾。
此外，明朝廷为了进一步加强对广西土司的控制，对土司的承袭方面又作了许多规定，如规定土司官职的承袭不论文官或武官，都由吏部验封司来办理，后来又规定武职土官改由兵部武选司办理。
从明中期开始，土司申请承袭还常常受到朝廷官吏的故意刁难，或乘机对土司进行勒索，因而引起土司的怨怒和不满，正如史料记载说:“正统以后，吏道杂而多端，中涓武弁视土官为外府而渔猎收之。故土司怨怒，多不用命，视文告若土苴，征发不时至。”
从上述措施可以看出，明朝廷对土司的管束是相当严格的。
这种管束措施，对于制止土司的横行跋扈，加强国家的统一，是有一定积极作用的。
但是实行这些措施的结果，却加深了土司与朝廷之间的矛盾。
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