其次是各土司之间和土司官族内部的矛盾。
先说各土司之间的矛盾。
要知道土司之间为争夺袭位和财物而进行斗争，终明之世，纷争不已。
据《明史-广西土司传》记载，洪武二十五年(1392年)，思明土知府黄忽都病逝，其子黄广平袭职。
知州门三贵为争袭而试图谋杀黄广平。
黄广平得知后，立即杀死门三贵，并隐瞒真相，以门三贵病死上报朝廷，结果被朝廷诏逮鞫之。
明太祖朱元璋针对此事指出:“蛮寇相杀，性习固然，独广平不以实言，故绳(之)以法。今姑宥之，使其改过”。
由于明朝廷对土官的互相残杀，采取“姑宥”的政策，更加助长了土司内部的矛盾斗争。
到明中叶以后，随着土司统治制度的日益腐朽，封建王朝政治的日趋腐败，许多土司为了扩大地盘或吞并对方而互相攻伐混战，斗争愈演愈烈。
据史载，永乐中，向武知州黄世铁侵夺镇安高寨等地，“朝廷遣兵讨平之，以其地属镇安”。
宣德元年(1426年)，崇善县土知县赵暹谋广地界，“遂招纳亡叛，攻左州，执故土官，夺其印，杀其母，大肆掳掠，占据村洞四十余所。造火器，建旗帜，僭称王，署伪官，流劫州县”。
这实际上是搞武装叛乱的行为。
结果，明宣宗命总兵顾兴祖会同广西三司出兵剿捕，赵暹及其党羽皆就擒。
正统二年(1437年)，泗城州土官岑豹恃其兵强势众，为掠夺财物而率土兵攻掠利州，朝廷派官前往抚谕，岑豹负固顽抗，并增兵扼守，结果被官兵镇压。
还有就是土司官族内部的矛盾。
因为土司官族内部的矛盾和斗争大抵源于争权夺利的目的，其主要是围绕土官职位的袭替而表现出来。
明代，土官承袭的年龄，一般是十五岁方能承袭。
为了避免因长期空缺土官而引起混乱，永乐十五年(1417年)规定，应承袭者虽只有十岁，也可以承袭。
为了避免冒袭，弘治二年(1489年)又规定，凡土官应袭的子孙，年五岁以上者由地方官勘定上报吏部立案，年满十五岁即可令其袭职。
而在十五岁之前，则实行过渡的办法，令其协同流官或代署的官族管事，在此期间，如有不服从朝令和其它不轨行为，取消其承袭资格，另选合适者替袭。
这种做法，往往造成了官族内部争袭的纠纷。
父子、兄弟、叔侄之间，尔虞我诈，争权夺利，“骨肉相屠”，互相残杀。
此类事情时有发生，甚至愈演愈烈。
除了争夺袭位，土司官族内部为争夺地盘而展开的斗争也甚为激烈。
据史载，永乐初，置上林长官司，“以泗城州土官岑善忠三子成为长官，抚其民。永乐四年(1406)，子成遣子保贡方物，赐钞币，自是贡赐不绝。成化元年(1465)，泗城岑豹攻劫上林，杀长官志威，灭其族，劫印，占其境土。兵部移文议豹罪，仍以地与印给上林。弘治三年(1490)，上林长官司遣头目入贡，礼部以过期至，给半赏。既而泗城岑应复夺据上林长官司，然正、嘉、隆、万间朝贡犹时至。”
最后就是广大民众与当地土司、中央封建朝廷的矛盾。
因为土司制度是明代统治少数民族的工具，而明封建王朝又是土司制度赖以存在的靠山。
土司依附朝廷，朝廷利用土司，两者紧密勾结。
土司与中央朝廷之间的战争，各土司之间的掠夺性战争，使人民的生命遭到大量杀戮，并消耗大量社会财富。
沉重兵役与徭役，加重农民负担，使得生产失时。
在土司统治区内，广大农民对土官土司的人身依附关系极为强烈，广大土民被牢牢束缚在土地上，不能随便迁居流动，土司甚至可以随便杀害农民，土民在土司的野蛮统治下，没有人身自由。
所以，农民反抗斗争不断发生。
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