费祎常介入二人坐间，为他们谏喻分别，以释其意，因此诸葛亮在世之时，可以各尽魏延、杨仪之所用者，全赖费祎从中匡救之力。
建兴十二年（234年）秋天，诸葛亮在五丈原病故，密与费祎、长史杨仪、护军姜维等安排身殁之后退军的节度，令魏延断后，姜维次之；若魏延或不从命，军便自发。亮死后，军中秘不发丧，杨仪便使费祎往揣魏延之意。
魏延道：“丞相虽亡，我自见在。府亲官属便可将丧还都入葬，我自当率领诸军击贼，岂何以一人之死而废天下之事呢？而且我魏延是甚么人，会为杨仪所部勒，作断后将吗！”
便与费祎共作行留部分，令费祎与他手书连名，告下诸将。费祎知其不妙，便讹道：“我当为君回去劝解杨长史，长史是文吏，甚少管知军事，他必不违命。”
于是出门驰马而去，魏延寻悔，但已追之不及了。
建兴十二年至建兴十三年（235–236年），费祎为后军师。
初时，杨仪为先主刘备的尚书，而蒋琬为尚书郎，后来虽然俱为丞相参军长史，然而杨仪每次从行，都身当军中的劳事剧务，又自以年宦先于琬，才能亦逾于琬，于是怨愤形于声色，叱咤之音发于五内。当时人们畏其言语不节制，莫敢相从，惟有后军师费祎前往加以慰省。
杨仪常对费祎诉恨，前后云云数遍，又向费祎道：“往者丞相亡没之际，我若举军以降魏，处世会当落得如此境地吗！这实在令人追悔不可复及。”
费祎乃密表其言于上。十三年，杨仪被废为庶民，徙汉嘉郡。杨仪至徙所，又上书诽谤，辞指激切，朝廷于下郡收押杨仪。结果杨仪自杀，其妻子还蜀。
不久，费祎代蒋琬为尚书令。费祎别传曰：于时举国多事，公务烦猥，而费祎识悟过人，每次省读书记，举目稍视，已能究知其意旨，其速度数倍于人，而且过目不忘。
费祎常于早上听知政事，其间接纳宾客，饮食嬉戏，加之博弈，每每能够尽宾客之欢，而不废自身大事。
后来董允代费祎为尚书令，欲效法费祎之所行，但在旬日之中，事情多所愆滞。
董允不得不叹道：“人的才力竟可相去若此之远，此实非我之所能及啊！我听事终日，却犹觉没有余暇可处。”
延熙四年（241年）十月，费祎至汉中与蒋琬谘论事计，至年末才回朝。
延熙六年（243年）十月，大司马蒋琬自汉中返回涪。十一月，费祎迁大将军，录尚书事。
延熙七年（244年）闰月，魏大将军曹爽、征西将军夏侯玄等兵向汉中，镇北大将军王平拒守兴势之围。
费祎便留镇南大将军马忠于成都，平尚书事，自己则督诸军往兴势赴救，率众御魏。光禄大夫来敏至费住所祎许别，求共对围棋。
其时军中筹备严驾，纷纷营营，而费祎与来敏留意对戏，面无厌倦之色。来敏便道：“我只是聊观试君而已！君信可人，必能对付贼者。”费祎至兴势，果然立退敌军，封成乡侯。秋九月，还成都。
后来司马懿之诛曹爽，费祎曾设《甲乙论》评其是非。
后蒋琬固让州职，费祎复领益州刺史。祎当国功名，可比蒋琬。
《费祎别传》记载：“祎雅性谦素，家不积财。儿子皆令布衣素食，出入不从车骑，无异凡人。”
延熙八年（245年）十二月，大将军费祎至汉中，行围守。
延熙九年（246年）六月，费祎还成都。
秋大赦，大司农孟光于众中责大将军费祎曰：“所为大赦，乃偏枯之物，不是明世所宜设有。除非衰弊穷极，必不得已，然后才可权量而行赦。
如今主上仁贤，百僚称职，有何旦夕之危，倒悬之急，而要数施非常之恩，以让奸宄之恶受惠呢？又鹰隼（凶猛之禽）始其毁正之击，而朝中更原宥有罪之人，上犯天时，下违人理。
老夫驽朽无用，不达治体，但却认为谓此法难以经久，岂是万民具瞻，所望于明德之政呢！”费祎闻言，但顾谢而已。
延熙十一年（248年）五月，费祎出屯汉中。
自蒋琬至费祎领事以来，虽然自身在外，但朝中一应庆赏刑威，皆遥先谘琬、祎落断，然后乃行，其推任如此。费祎任内，亦器重董允、杜琼、陈祗等人。
费祎辅政其间，姜维自以通练西方风俗，兼负其才武，计画引西北诸羌、胡以为羽翼，并指自陇以西可断而有之。每欲兴军大举，费祎常裁制不从，与其兵不过万人。
费祎向姜维说：“我等不如丞相亦已远矣；丞相犹不能定中夏，何况是我等呢！不如保国治民，敬守社稷，以其功业等待有能者去继承，不要以为希冀侥幸而决成败于一举。若果不如其志，悔之无及。”
延熙十四年（251年）夏天，费祎还成都，成都有望气者（观云气测吉凶之人）指都邑无宰相位，因此入冬后费祎复北屯于汉寿。
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