坚镡、朱佑虽然没有攻破洛阳，但朱鲔对部队的忠诚产生了怀疑，失去了死战的决心，随后刘秀又派岑彭劝降，朱鲔最终投降。
刘秀第二次大封功臣，更封朱佑为堵阳侯。
后来，残余的五校农民军与檀乡农民军合兵进扰魏郡、清河郡。
在刘秀的命令下，大司空王梁、建义大将军朱佑、执金吾贾复、偏将军王霸、杜茂、扬化将军坚镡、骑都尉刘隆、马武、阴识等九将军随大司马吴汉去清剿。汉军与农民军大战于邺东漳水之上，农民军战败，被斩首、投降的有10余万人。
为了巩固洛阳，剿灭洛阳西、南一带的流民军。
刘秀命令王常、景丹、朱佑、祭遵、王梁、臧宫一起统领大军南出箕关，向南进军，去清剿盘踞在洛阳西南地区的弘农、厌新、柏华、蛮中等流民武装，经过一年的苦战，平定了这些地方。
后来，建义大将军朱佑与景丹、吴汉、建威大将军耿弇、执金吾贾复、偏将军冯异、陈俊、左曹王常、骑都尉臧宫等击破五校军于羛阳，迫降其众五万人。
也就是说，在遇到邓奉之前，朱佑的战绩还是不错的，可这时后方南阳却先后发生了董欣、邓奉叛乱，刘秀任命廷尉岑彭为征南大将军，又令建义大将军朱佑、执金吾贾复、建威大将军耿弇、武威将军郭守、越骑将军刘宏、偏将军刘嘉、耿植等人为副将，率领汉军数万，南下讨伐董欣、邓奉。
就是在这里，朱佑遭遇了自己军事生涯的滑铁卢，他率部在淯阳与邓奉交战时，仅仅三个会合就让邓奉给拿下了，兵败被俘。朱佑和邓奉及他的叔叔邓晨早年就相识，又一同随刘氏兄弟起兵，因此邓奉没杀朱佑。
后来，刘秀御驾亲征去增援前期南下的汉军，邓奉见汉军势力大，决定投降，于是他就请朱佑请出来，由朱佑押着他一起来到刘秀大营中请罪。
刘秀赦免了朱佑被俘之罪，并且以劝降邓奉有功为由，恢复了朱佑所有的官职、爵位。并继续派他领兵作战，朱佑先后带兵攻占了新野、随县。
刘秀还因为邓奉之前对阴丽华有恩，想赦免了邓奉的谋反之罪，但是后来还是把邓奉给杀了，至于这是为什么，留个悬念，以后再说。
后来，为了消灭割据荆襄一带楚黎王秦丰，刘秀派遣岑彭、傅俊、臧宫、刘宏率军南征，但汉军进攻受阻，迟迟不能突破敌军防线。
后来，刘秀又令朱佑为主将，祭遵为副将，率领第二拨汉军南下，朱佑见了岑彭，两人作了分工。朱佑负责北线，对付延岑、张成，岑彭负责南线，对付秦丰、蔡宏。
分工之后，朱佑率领征虏将军祭遵与延岑大战于东阳，大破延岑，临阵斩了秦丰的大将张成，延岑率军败走，去投秦丰。
随后朱佑挥军进攻黄邮城（今河南新野东），黄邮城守军望风而降，听到南线捷报频传，刘秀非常高兴，赏赐朱佑黄金三十斤。
朱佑、岑彭会师合围秦丰的都城黎丘之后，刘秀下令岑彭、傅俊率军南下，转攻盘踞在夷陵（今湖北宜昌东南）的田戎。围攻黎丘的任务，交给了建义大将军朱佑。
刘秀又命破奸将军侯进、辅威将军耿植率领本部汉军协助朱佑围困霍丘。朱佑接手围困的任务之后，挥军击破蔡阳，擒杀了秦丰的守将张康，打掉了秦丰最后的支援。
为了尽早结束战斗，刘秀亲自到黎丘，派御史中丞李由为使者持玺书来到城下招降，秦丰却仍然不降，还口出恶言，骂了刘秀。
于是，刘秀大怒，回京之前告诉朱佑，一旦拿下黎丘，立即诛杀秦丰及其三族，无需押解回洛阳治罪！
经过长期围困，秦丰粮尽，朱佑乘机猛攻，后来，秦丰终于撑不下住了，只好领他的母亲妻子九人肉袒出城投降。按照刘秀的旨意安排，对负隅顽抗的秦丰应该就地处决，并灭其三族。
然而朱佑心地善良，不忍这百口无辜这就样被杀，只是将秦丰及家属收监，然后用槛车送往洛阳报捷。
朱佑违旨的事情被吴汉知道了，吴汉立马就参了朱佑一本，上奏刘秀说朱佑违抗圣旨，该杀！
从这里就可以看的出来，朱佑跟吴汉是完全不同的两种人，朱佑心地善良，吴汉心狠手辣。
而且这个吴汉临终之前最后给刘秀留下的一句遗言是什么，大家可能猜不到，吴汉临终之前，刘秀问吴汉：“大司马有什么临终嘱托？”
这就好像问一个大臣，咱们今后的工作该如何开展，或者让吴汉给推荐一下继任者什么的。
其实吴汉的继任者刘秀早就想好了，他当时是比较中意阴丽华的弟弟阴兴的，但是阴兴推辞了，至于刘秀为什么想在吴汉死后，阴兴接替吴汉的位置，阴兴又为什么会推辞，这里留个悬念，以后再说。
想说吴汉的临终遗言是什么，吴汉对刘秀说：“陛下仁慈，微臣死后，陛下千万不要轻易赦免罪犯！”
直到吴汉死的时候，刘秀才想明白，吴汉为什么那么喜欢杀人，还有耿弇，这二人是刘秀将领当中最喜欢杀人的，他们杀了很多人，最后耿弇在一统天下之后第一个站出来辞职回乡，那一年耿弇只有三十五岁，耿弇辞职之后就再没涉足朝堂事物，这件事留个悬念，以后再说。
小主，这个章节后面还有哦，请点击下一页继续阅读，后面更精彩！
喜欢大汉光武帝请大家收藏：(m.x33yq.org)大汉光武帝33言情更新速度全网最快。