从847年到853年，银河联军在新大陆深处与古代自动化舰队进行了长达六年的血战。
这场战役的残酷程度或许远不及发生在人类之间的历次银河战争，但技术含量却远远超出。
黑暗自动化舰队展现出了超过联军想象的技术水平和可怖武器。
能够借助恒星能量跨星系炮击的基座巨炮，其展开后的体积令土星环相形见绌；能够撕开行星地壳直达地心的“机械捕食者”，可以轻易摧毁擎天堡的装甲；能够在一天内吞噬整颗行星表面所有物质的“万噬蜂群”，同样也能在六个小时席卷一支整编决战舰队的所有战机和防御炮塔。
人类联军在初期遭遇了惨重损失。845年至847年间，联军损失了超过三分之一的参战兵力，却仅仅只是完全解除了黑暗自动化舰队主力，对星门和银河本土的全部威胁。
转折出现在848年。
人联的工程师们发现，古代自动化舰队的核心控制系统存在一个设计缺陷——它们依赖一种特定的量子中继信号进行协调作战。
如果能够干扰这种信号，就能切断舰队与“肃正协议”的联系。
基于这一发现，人联、联盟未来实验室和帝国智慧宫共同开发了“迷雾系统”，一种能够模拟古代舰队通信频率、制造虚假指令的电子战系统。848年5月，首次实战测试中，也即是大名鼎鼎的“赎罪日战役”中，联军使用迷雾系统成功诱使一支古代分舰队自相攻击，随后全歼。
“迷雾系统”的最关键开发工作要归功于帝国卫伦特王。他在随后的“赎罪日战役”中亲自带领新编帝国舰队充当主力，也起到了最关键的战术作用。
（上一段被出版社要求删除。卫王毕竟是内战中的失败者。他的公道评价应该要在百年以后了。没有必要在这个方面刺激帝国的敏感神经。）
此后，新型中小型战舰的服役，反黑暗智械的新型自动机器人的推广，填补了已知所有逻辑漏洞的兵器操作系统的全面部署，战争天平不断倾斜。
以上的这些技术，也在战后三十年的不断和平发展中，成为了繁荣的基石。
852年7月，银河联军已经把“肃正协议”核心所在的星系，纳入了巨像的射程范围。
第四卷：帝国的撤退与第二共和国的建立
帝国放弃占领区
在新大陆战役最激烈的时刻，银河帝国内部终于发生了一件影响深远的事件：帝国决定放弃新亚特兰蒂斯星区，也会从原切尔克王国境内撤退。
这一决定源于帝国面临的“三线困境”。自845年以来，帝国一方面要在新大陆前线投入大量兵力对抗黑暗自动化舰队，另一方面要面对本土愈演愈烈的原色起义。在这种情况下，还要维持对新亚特蒂斯星区的控制，因此被迫要维持大量兵力和第二共和国舰队主力对峙，对帝国而言也是巨大的负担。
随着战争消耗加剧，甚至连银河帝国，这样一个人口众多的史上最强大的军事帝国，居然都出现严重兵力短缺。
其实，最大的问题在于，虚空皇冠轮空，摄政会议对外环星区和边境领主的号召能力始终是有限的。而根据帝国三千年的《征服者敕令》的规定，内环和中环的帝国军事公民们只对皇帝有完整的效忠义务。
摄政会议的“假帝时代”既约束不了诸侯，就更约束不了军事公民了。
帝国摄政会议秘密会议记录（847年9月）：
罗萨奈欧元帅：“大元帅府报告，新亚行军大都督府的补给缺口达到47%。如果继续维持对地球方面驻军，我们将无法支撑新大陆战役。必须做出选择”（档案编号：IMP--033）
沙扎门王：“这是假的。新亚大都督府早就开始和地球人做生意了。现在的大都督是苏王殿下的卫星，四舍五入难道不也是那个人的情人吗？”
贝铎王：“他吃的可真好，真是羡慕。”
泰米尔王：“如果选择和地球妥协，放弃新亚和切尔克，会如何？”
法瑞尔元帅：“我们将永远失去再次政府地球的可能性，甚至是把分裂的切尔克诸国拱手让给了地球人。第二共和国会在这场战争中取得最大的利益。可是，在敝人还在任上的时候，这就已经是事实了。我们已经战败了。”
贝铎王：“共同体灭亡了。我们是胜利者！”
沙扎门王：“自欺欺人就没意思了。”
卫伦特王：“为了历史，我们应该选择未来。”
（以上的会议记录在正式出版中删除。帝国方面表示在泡制不存在史料写小作文，他们就要发飙了。）
847年12月，摄政会议虽然没有直接给出放弃新亚和切尔克决议。可是，当吉娅菲尔·拉姆特侯爵和索拜克元帅（当时还是上将）带领大部分新亚方面舰队，在地球舰队的监视下进入南天门，进入新大陆，并且还在新玉门进行补给的时候，事实上的放弃就已经成立了。事实上的新军事同盟，也再次成立了。
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