845年5月，正本系统完全逐步部署到了联盟核心十四个星区，联盟开始反击。到845年底，联盟境内的大规模智械叛乱被基本控制，工农业生产和治安状态开始缓慢恢复。
帝国的反应则更为复杂。摄政会议内部对于是否接受“敌国的技术援助”存在严重分歧——到了这个时候，他们居然已经不称呼第二共和国为“叛军”了。
保守派认为，接受人联的技术等于承认共同体的正统地位。作为科学家的卫伦特王提出的理智考量，反而成了不合时宜的言论。
不过，前线的溃败让这种争论显得奢侈。
845年6月，帝国泰拉行军大都督府大都督，吉娅菲尔·拉穆特女侯爵在未经摄政会议授权的情况下，私自与第二共和国代表接触，获得了正本系统的部分资料。
帝国泰拉行军大都督府副司令索拜克元帅的私人日记（845年6月9日）：
侯爵对我亲口说过：“摄政会议的老爷们还在争论体面，而我只想要让自己的士兵们活下去。不知道怎么让士兵活下去的老爷，都应该统统吊路灯。”
侯爵也说过：“赶紧结束这场莫名的战争吧。人民的女皇早就该回到应有的地方去了。这才是银河帝国所有国民的选择。”
我觉得，侯爵说的一定是苏王殿下说的，她们说得真对啊！
苏王殿下还是太怂了。换劳资早就提兵上洛了！
（删除批注：索拜克元帅上将已经在893年去世。他的家人表示元帅身前就没有写日记的习惯。正经人谁写日志啊？）
正本系统在帝国前线的部署，稳定住了摇摇欲坠的防线。
最晚到846年年底的时候，银河各大国的内部智械叛乱基本平息。大家已经学会信任新的人工智能，区分朋友、工具和敌人。
战争进入新阶段：从被动防御转向主动反击。
值得考究是，在整个战争的被动防御阶段，三大人类国度在新大陆的殖民地几乎没有受到暴动智械的困扰。庞大的黑暗自动舰队即便是穿过了防御薄弱的殖民地星球，也没有分兵围攻。他们的行军目的永远只有：“打穿星门，攻击银河本土。”
联军以后的军事行动始终占据战略战术的优势，便在于此了。
在这种态势下，曾经是第一次银河大远征核心的“黎明星域”，反倒是成了这场智械战争中难得的和平之所，也在后来的远征中成为了后勤基地。
参考内容：860年雅歌弥奖最佳影片，联盟和帝国合拍的《瑶池无战事》。
（参考内容受到第二共和国政府抗议而删除。第二共和国的先驱党政府认为，瑶池无战事的事实乃是为了文明对抗“黑暗智械”大局的妥协和让步，是一种特殊历史的特殊状态，没有那么多的矫饰的含情脉脉。建立在压迫底层劳动人民和外族的银河帝国，依旧是全宇宙最大的邪恶之源。）
第三卷：新大陆的再次远征
古代自动化舰队
随着“正本系统”的全面部署和内部叛乱的平息，银河文明联军开始有能力追踪智械叛军的来源，真相逐渐浮出水面：这场叛乱并不仅仅只是智械发展到一定程度产生的“逻辑暴动”，而是被一个来自遥远过去的信号所唤醒的。
847年1月，联盟情报部门在破译缴获的智械通讯记录时，发现一个反复出现的坐标：新大陆深处，一个从未被标注过的星域。
通讯中称那里为“肃正协议”所在。
与此同时，银河文明联军也得到了意想不到的支援，来自传闻中的“虫群”。
这种特殊的蜂群物种在过去十年的岁月中，已经许多次出现在各国的情报名单中了，但却首次以盟友的身份，主动与人类接触。
根据联盟外交部的记录，虫群的统治者，被灵能者唤为“主宰”的存在，向人类代表传达了以下信息：
“我们侦测到了源头。那是一支狂暴自动化舰队，对所有形成智慧社群结构的有机体都有巨大敌意。它们才是真正的威胁，它们正在打造真正的舰队。你们看到的黑暗自动化舰队，只是它们的前锋。”
（以上的内容在正式出版中改成了“不知名的灵能探险家”。虫群的存在虽然在各国高层中已经不是秘密，但直到现在也并未向大众公开。银河文明议会已经确定，虫群的存在应该再保密一百年。）
这一信息揭示了一个可怕的事实：以人类为首的银河文明对抗的并非当代的叛变机械，而是一个来自远古的遗产。
现在，我们将要直面新的考验。
余连元帅在新神州军事委员会上的讲话（846年3月）
“这难道不是好事吗？我们以前总是追随着启明者的遗产亦步亦趋，现在却有了和他们平等对话的机会，岂非快哉？”（以上这段在正式出版中删除。第二共和国表示余元帅没说过这么轻佻的话。这里存在诋毁开国元勋的嫌疑）
新大陆八年拉锯之战
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