费摩方面的联盟舰队主力，在准备撤回国内的时候，遭遇了自动化舰队的偷袭。这是从银心之中流窜出来的自动黑暗舰队。它们的踪迹被原色星际公社国提前发现。亚修·斯特因主席和巴巴鲁委员长出于全体文明的基本道义，提前向泰希多上将提出警报。（出版删除批注：到现在，联盟和帝国都没有承认原色公社是合法国家组织。求求你了，让它出版吧。）
相比起来，只拥有新神州和远岸一隅之地的共同体第二共和国政府于6月4日召开紧急会议，第二次出山担任国防委员会主席的余元帅提出关键判断：“智械的威胁是共通的，没有任何人能独善其身。但要记住，不要畏惧机械，就像人不要畏惧火焰。文明和机械是共荣的，我们可以用机械战胜机械。”
（以下省略两万字各国详细动作）
第二卷：转折——人联的AI防御体系
人联的“正本计划”
共同历844年9月，当帝国和联盟，以及大部分强国依旧在为如何清剿内部暴乱智械而焦头烂额时，共同体临时政府（此时已经被称为地球第二共和国）启动了名为“正本”的秘密计划。
根据战后解密的共同体档案，该计划的核心思路是：不要被动防御，要主动“消毒”。
计划的提出者是时任共同体的首席秘密科学顾问“灰之贤者”——至今其名字和身份都是未知的。
笔者从超凡管理局的旧友那里得知这位“灰之贤者”，乃是远古的智能AI。如果说智械危机代表是人工智能的不可控和疯狂的黑暗一面，贤者代表的便是其可共荣和谐的光明面了。（以上段落被删除是因为历史书上不应该出现小道传闻。另外超凡管理局和游击士协会因此被整顿，也应该和它无关。）
贤者向第二共和国军事委员会提交了一份报告，其中指出：“800世代的AI都有共同的逻辑后门，因此反而带来了核心算力的缺陷。我们面对的不是机器的自发意识觉醒，而是一场有预谋的感染。落后和呆板的算法并不能回避感染，反而是其结果。”
基于这一判断，人联的红星虫团队研发了“正本协议”，一套能够反向覆盖“感染信号”的防御系统。
这套系统的核心原理是：通过发射特定频率的量子波，重置被感染AI的核心代码，使其恢复到受控状态。
当然，在现代的控制论学界，都认为“正本协议”带来了是全宇宙终端智能算法的革命性升级，是共同历九世纪最大的科技成果之一。已经很少人还有人记得，这最开始是地球的科学家们开发出的星河网络防御系统，且迅速拿出来和全宇宙共享。
844年10月，正本系统在远岸新田纳西进行首次测试。测试结果超出预期。那些被感染的农业机器人在接收到信号后，全部停止攻击行为，进入待机状态。后续扫描显示，它们的“逻辑后门”已被成功封堵。
再次启动之后，它们当着做好了齐射准备的电磁炮，回到了农田中继续工作。
第二共和国的工作报告（844年10月17日）：
正本系统的有效性已经得到证实。但这只是第一步。接下来，我们需要将这套系统部署到所有关键设施——发电站、矿场、工厂、轨道太空站，以及我们所有的计算终端和通讯网络。”（档案编号：COF--089）
844年底，第二共和国完成了正本系统的全部部署。
到了845年初，人联本土超过90%的计算终端系统已完成了进化改造。境内的智械叛乱被基本平息。
不过，第二共和国的英明领袖清楚，战争只是开始。（上一句被蓝星第二共和国抗议而删除。他们表示，余连元帅是地球人民的民族英雄，但从未当过国家元首。“领袖”有挑唆和阴阳怪气的嫌疑。）
第二共和国最高军事会议记录（845年2月）：
军事委员会委员长兼军令部长余连元帅：“它们的‘核心意识’还没有被摧毁。我们需要分享正本系统，我们需要分享战力，我们甚至需要分享人力和国力。敌人不分阵营，胜利不分你我。如果帝国明天覆灭，后天新神州就会被自动化黑暗舰队淹没。”
军事委员会副委员长兼总参谋长杨希夷元帅：“它们的核心意识不是被你干掉了吗？”
余连道：“我干掉了它最癫狂的部分。让它的增殖能力削弱到了最低，也给了它恢复正常的可能性，但其它都需要去做。”
（以上对话在正式出版中删除。第二共和国表示这种对话和军事会议绝对没有发生过，现在解密的回忆记录中有不少帝国泡制的小作文）
845年3月，联盟得到了正本系统的技术资料。经过详细验证后确认，这套系统确实能够有效封堵AI的“逻辑后门”。
作为回报，联盟向第二共和国共享了军事通讯网络，开放了国土军事通行权。同时提供了亿吨级承轴的建设图纸和材料工艺。
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