登莱巡抚就是他的致仕之地，在登州最出名的当然就属于登州名宦祠了。
这里供奉着登州一带的名臣，受百姓的香火，百年不绝。
陈应元他也知道自己肯定是在这些地方退了下来，他在致仕以后自然失望百年以后可以入驻登州名宦祠，接受百姓香火的供奉。
洪武四年，诏天下学校各建先贤祠，左祀贤牧守（后称名宦），右祀乡贤。此二祠为附於学宫之始。凡入两祠人等，皆由各省学臣及采访使审定，万历后入祠人物，则须经部议批复。
本朝的供奉有：登州知府周斌、林弼、毕汝周、朱希颜、徐问、刘镛（参政，管府事）、冯昆、郑漳、刘泾、李承选、鲁廷彦、同知李钺（前蓬莱知县）、张学、弋正、登莱巡抚袁可立、登莱道周之训、蓬莱知县邢琦、登州副总兵沈有容。
进入名宦祠先要地方的官员和贤达一致同意，然后由礼部批复。
作为登莱巡抚，地方的官员们，倒也是不敢说不同意他百年后进入这里供俸，但是坑死人的居然是百姓和地方贤达拒绝了，就是不卖他这一位登莱巡抚的面子。
要知道登莱巡抚也就是这么几任，并不是每一任都能进入登州名宦祠接受供奉的，好像孙元化、谢涟这些人就进入不了。
所以巡抚他没有办法，只好怏怏而归，他总不能强行的攻下水师大寨吧，别说他没有这么多兵，就是有这么多兵，未必也攻得下来。
这些兵油子跟他们的将军们沆瀣一气，根本就不给他这位巡抚的面子，他也就没有办法了。
经此一事以后，巡抚陈应元，他是觉得自己的脸算是被对方摁在了地上摩擦，他一怒之下就马上写下了奏折，向朝廷弹劾郑之豹：目无上司，横行不法、飞扬跋扈等等罪名，要求朝廷罢免了他。
如果是高若望的话，估计也就直接被他罢免了，但是郑芝豹是由朝廷兵部尚书和内阁同意任命的，如果他直接免掉的话，就相当于跟兵部和内阁对着来干，说白了没有对方的附署，估计也免不了，那脸丢的就更大了，所以他只好想办法让朝廷同意，免了郑芝豹的职务。
陈应元他这一次也算是发狠了，旗下的总兵如此的飞扬跋扈，目无巡抚，根本就不听到他的号令，如果他不狠狠的收拾对方的话，他这巡抚也当不下去了，所以他在给朝廷的奏折之中写的很明白：“武将如此飞扬跋扈，若不加以制止，必后患无穷，本官也无法做此巡抚，特请辞。”
说白了就是如果你不让郑芝豹滚蛋的，就让我滚了，他自己做着巡抚，做了一年多，也是做得非常的辛苦，非常的累。
他的这一位巡抚可是挂着右佥都御史的头衔，算是都察院的人，相信他这一封弹劾的奏折上到了朝廷以后，督察院肯定会为他说话的，即使免掉了不了郑芝豹的职务，也会狠狠的教训他，收拾他一顿，令他不敢这样乱来。
在这几十年，大明朝廷里面，文官告武官，一定是文官赢。
本来陈应元他想去收买肖云的，但是看见郑芝豹手下郑林驻扎在这里都敢如此的嚣张跋扈，更不用说部署在城外的肖云，不有多么的飞扬跋扈了，他现在才想到这些部队，敢这么嚣张和狂妄的对他，那是因为这是郑氏家族刘氏家族蓄养的私兵，他们从来就没有吃过朝廷的钱粮，也就没有听命于朝廷的意思了。
说白了，这些部队就是他们的家丁，据说在各大边镇那些总兵和大将处，个个都蓄养有自己的家丁，这些家丁就追随在将主旁边，出同行、入同住，甚至有些还被收回了义子和家丁，他们他们连巡抚总督的命令都不听，只听自己将主的命令，以前他还在笑这些人治理无方，手下跋扈的将领都治不了，但是到了今天，他自己才见识到这些的厉害之处，才觉得有些后悔。
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