吴元年（4064年）九月
甲戌日（初一）：晋升雄武卫千户韦正为凤翔卫指挥副使。
命令参政朱亮祖率领浙江、衢州、金华等地卫所的骑兵、步兵、水军讨伐方国珍。
皇上（朱元璋）说：“方国珍以贩卖鱼盐为业，苟且偷生（呰窳：懒惰苟且），（对朝廷命令）持观望态度，依从还是违背犹豫不决，心怀首鼠两端的想法。现在派军队去讨伐他，形势必定能取胜。他没有良策，只有渡海逃跑罢了。三州（台州、温州、庆元）的百姓，已经非常疲惫困苦了，城被攻破那天，不要杀害一个人。”于是，朱亮祖磕头接受命令后出发了。
太庙建成。将四代祖先（德祖、懿祖、熙祖、仁祖）各自设立宗庙：德祖庙居中；懿祖庙在东边，是第一庙；熙祖庙在西边，是第一庙；仁祖庙在东边，是第二庙。
宗庙群位于宫城的东南方向，所有庙宇都坐北朝南。
每座庙宇的正殿供奉神主，东西两侧设有夹室（存放物品或神主的小房间），东西两边有廊庑，共有三道门，每道门都设置二十四把戟（仪仗兵器）。
外面环绕着都宫墙。
正门南面，另建有五间斋戒用的房舍（斋次）；斋舍西面是五间准备祭牲饲料的房舍（马馔次），都坐南朝北。
都宫门东面是五间神厨（制作祭品），坐东朝西。
神厨南面有一个宰牲池，坐北朝南。
乙亥日（初二）：追赠已故凤翔卫指挥使丁德兴为都指挥使。
诰令说：“朕听说身为臣子，活着的时候能尽心尽力，忠心耿耿地效力于朝廷，死后一定会受到褒奖追赠的荣耀，这是为了报答他的功劳。凤翔卫指挥使丁德兴，凭借着勇武的资质，从军队中脱颖而出，投身侍奉朕，先后立下许多战功。在征讨进军苏州的时候，他正打算报效国家，最终却因一场疾病而永远逝去了。追念往昔，心中难以忘怀。因此追赠你为骠骑将军、都指挥使，以告慰你在天之灵。你若有知，就接受这加恩特赐的任命吧。”（丁德兴）后来又被追封为济国公。
戊寅日（初五）：皇上对中书省大臣李善长、傅瓛、杨宪等人说：“律法中有连坐的条款，指的是侵犯伤害他人的人。我认为审理案件应当公平宽仁，除非是大逆不道的罪行，否则罪责只应及于犯罪者本人。先王的为政之道，惩处罪人不连及妻子儿女（罪不及孥），惩罚不延及子孙后代（罚弗及嗣），这是极为忠厚的做法。从今往后，百姓有犯法的，不要株连治罪。”
参政杨宪回答说：“先王使用刑罚，根据时代不同或轻或重（世轻世重）。自从元朝政令姑息放纵，百姓轻易触犯法律，如果不用重刑治理，那么犯法的人就会更多。”
皇上说：“百姓做坏事，就好像衣服上积聚了污垢，加以洗涤，就可以重新变干净；受污染（沾染恶习）的百姓，用善道引导他们，就可以改过自新。依靠刑罚杀戮来威慑，使百姓不敢触犯法令，这种方法是浅陋的。而且在严刑峻法下求生存，就好比在锅里找鱼，还想让它活命，太难了。所以，凡是依从轻典（宽仁的法律），即使不刻意寻求让人活命，也自然不会有判人死罪的道理。”
辛巳日（初八）：大将军徐达攻克姑苏（苏州），俘获了张士诚。
当时城池被围困已久，熊天瑞教城中守军制造飞炮（投石机类武器）攻击我军，造成很多伤亡。城中的木头、石头都用光了，以至于拆毁祠堂庙宇和民房来做炮具。
徐达命令军中搭建像房屋状的木架，上面覆盖竹笆，士兵埋伏在下面，推着它攻城，箭矢石块不能伤到士兵。
到这时，徐达督率将士攻破葑门，常遇春也攻破了阊门新寨，于是率领部众渡过桥梁，进逼城下。张士诚的枢密使唐杰登上城墙抵抗作战。张士诚驻军在城门内，命令参政谢节、周仁树立栅栏来修补外城。唐杰知道无法抵挡，便放下武器投降了。周仁、徐义、潘元绍及钱参政（钱辅）都投降了。
傍晚时分（晡时），张士诚军队全线崩溃，众将领于是像蚂蚁一样攀附登城。
城已被攻破，张士诚仍让他的副枢密使刘毅收拢残余的二三万士兵，亲自率领他们在万寿寺东街作战，又被打败，刘毅投降。张士诚仓惶逃回府邸，随从仅剩几个骑兵。
起初，张士诚见兵败，对其妻刘氏说：“我战败要死了，你们怎么办？”刘氏说：“您不要担忧，我一定不会辜负您。”于是在齐云楼下堆积柴草。等到城破，刘氏驱赶张士诚的众妾、侍女登上楼，催促她们自尽，命令养子辰保放火烧楼，然后自己上吊而死。
张士诚独自坐在房间里，左右侍从都逃散了。徐达派张士诚旧将李伯升到张士诚处传达旨意。当时天色已晚，张士诚靠着门框自缢。李伯升破门而入，让降将赵世雄将他抱下来解开绳索，此时张士诚气未断绝，又苏醒过来。
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