《崔行功纂要方》
作者：唐·崔行功
《本草纲目》引用：卷二十一“菖蒲”条引辟秽方。
《刘涓子鬼遗方》
作者：晋·刘涓子（南齐·龚庆宣整理）
《本草纲目》引用：卷十五“黄芪”条引痈疽疮疡方。
《乘闲集效方》
作者：唐·李暄
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“当归”条引其治妇人百病方）
《短剧方》
作者：南朝宋·陈延之
《本草纲目》引用：卷三“百病主治药”引治金疮方
《肘后百一方》
作者：晋·葛洪
《本草纲目》引用：广泛引用（如卷十五“艾叶”条引治伤寒时气方）
《服气精义方》
作者：唐·司马承祯（一说白云子）
《本草纲目》引用：卷五十二“人部”引养生导引法
《删繁方》
作者：南朝梁·谢士泰
《本草纲目》引用：卷二十六“蒜”条引治霍乱方
《百病方》
作者：南朝宋·胡洽居士（原名胡道洽）
《本草纲目》引用：卷十七“附子”条引治中风方
《孙兆口诀》
作者：宋·孙兆
《本草纲目》引用：卷十二“人参”条引其补虚论述
《梅师集验方》
作者：隋·梅师（僧深师，又名文梅）
《本草纲目》引用：卷三十四“沉香”条引治霍乱吐泻方
《海上集验方》
作者：唐·崔元亮
《本草纲目》引用：卷十六“地黄”条引治跌打损伤方
《深师香港脚论》
作者：隋·僧深师（与梅师为同一人）
《本草纲目》引用：卷十八“木瓜”条引治脚气方
《集验方》
作者：北周·姚僧垣
《本草纲目》引用：卷二十五“酒”条引治痈疽方
《孙氏集验方》
作者：唐·孙思邈（一说佚名孙氏）
《本草纲目》引用：卷二十九“桃”条引治小儿惊热方
《必效方》
作者：唐·孟诜
《本草纲目》引用：卷三十九“蜂蜜”条引治便秘方
《伤寒类要》
作者：宋·平尧卿
《本草纲目》引用：卷十三“柴胡”条引伤寒治法
《斗门方》
作者：唐·佚名（一说斗门居士）
《本草纲目》引用：卷三十二“胡椒”条引治心腹冷痛方
《独行方》
作者：唐·韦宙
《本草纲目》引用：卷三十六“枸杞”条引治目赤方
《伤寒身验方》
作者：宋·王
《本草纲目》引用：卷十五“麻黄”条引伤寒发汗方
《胜金方》
作者：宋·佚名
《本草纲目》引用：卷十一“食盐”条引治喉痹方
《药准》
作者：宋·文彦博（文潞公）
《本草纲目》引用：卷十四“芍药”条引其药性论述
《简要济众方》
作者：宋·周应
《本草纲目》引用：卷十二“黄芩”条引治热病方
《塞上方》
作者：唐·王兖
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十五“艾”条引治瘰疬方）
《博济方》
作者：宋·王衮（注：非“王兖”）
《本草纲目》引用：卷十四“当归”条引治妇人百病方
《灵苑方》
作者：宋·沈括（字存中）
《本草纲目》引用：卷九“滑石”条引治小便不通方
《救急方》
作者：唐·张文仲
《本草纲目》引用：卷二十六“薤”条引治霍乱干呕方
《张路大效方》
作者：宋·张路
《本草纲目》引用：卷十七“附子”条引治风痰眩晕方
《崔知悌劳瘵方》
作者：唐·崔知悌
《本草纲目》引用：卷十二“黄精”条引治虚损方
《近效方》
作者：唐·陈藏器
《本草纲目》引用：卷十八“牵牛子”条引治水肿方
《经验方》
作者：宋·陈言（字无择）
《本草纲目》引用：卷三十“橘”条引治乳痈方
《经验后方》
作者：宋·陈师文
《本草纲目》引用：卷三十五“槐”条引治痔疮方
《苏沈良方》
作者：宋·苏轼（东坡）、沈括（存中）合撰
《本草纲目》引用：卷二十九“杏”条引治肺气喘急方
《十全博救方》
作者：宋·昝殷
《本草纲目》引用：卷十四“芎?”条引治头痛方
《食医心镜》
作者：唐·昝殷
《本草纲目》引用：卷二十五“酒”条引食疗方
《必用方》
作者：宋·张杰
《本草纲目》引用：卷三十六“枸杞”条引补益方
《子母秘录》
作者：唐·杨归厚
《本草纲目》引用：卷四十八“鸡”条引妊娠安胎方
《产乳集验方》
作者：唐·昝殷
《本草纲目》引用：卷四十六“贝子”条引产后通乳方
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