第一，有利于统一多民族国家的巩固和发展。
改土归流消除了各地土司分散割据的封闭局面，各土司地区完全纳入了中央王朝的直接管辖之下，交通道路的畅通，加强了各民族地区人民之间的来往，湖北来凤县“自改土后，披荆斩棘，行李往来，遂为三省之要衢，四冲之捷径”。
湖北施南地区则是“商贾多江西，湖南之人”，“川、鄂、湘交界各族人民互通有无，密切交往，湖广、四川、江西、陕西、江、浙、闽、粤的商人和官吏皆来湖北，有的还定居下来，形成了一个多民族汇合的地区”。
土司被废除后，清政府可以对原土司统治下的人民进行户籍清查，登记编册，转到清政府的直接控制之下，并将原土司的庄奴释放为自由农民，如云南丽江土府改流后释放了原木氏土司的庄奴2000余人;湖广容美土司改流后，追释了原被掠保靖良民500余人。
原来的那种依附关系不存在了，成为清政府的直接编民，这对缓和社会矛盾，促进生产的发展起了一定的作用，也就有利于多民族统一国家的发展和巩固。
第二，革除了一些旧制陋规。改土归流过程中清政府对土司地区一些旧制陋规作了一些改革。
首先是革除土司的苛派和特权剥削，诸如“火坑钱”、“锄头钱”、“烟户钱”、“年岁钱”、“鞋脚钱”、“修衙门钱”、“破收银”等一律予以革除。
仅泗城府、西隆州就革除土司各种苛派银1517两，云南丽江府改流后革除各种苛派银2万余两。
然后税收由清政府统一管理，按亩进行征收，并在一段时间内“科粮从轻”，减轻了人民的负担，农民的生产积极性有了提高。
革除一些土司长期统治造成的流弊，对于改流前土司自定的刑律、私设的公堂一律废除，还禁止土目擅管地方，禁止仇杀、掠抢人畜和勒索抢掠商人财物等。
这些措施有利于地方的安定和发展生产、繁荣商业。革除了某些民族的陋俗，如禁革“骨种之习”和同族婚姻，还“禁止端公邪术”、“禁乘丧讹诈”、“禁轻生”等。
这些措施虽难以被当地各民族所接受，但都有利于各民族的繁荣和发展。
第三，促进了原土司地区社会经济的发展。
由于土司的废除，使奴隶制和封建领主制得以彻底瓦解，土民从土司的束缚下解放出来，获得了较多的自由，再加上清政府在改流过程中比较重视恢复和发展生产，土民的生产积极性就高涨起来，结果使改流地区的社会经济有了新的发展。
改流后，清政府允许土地自由买卖，鼓励开荒和招农开垦，使大量有主土地得以耕种，大量无主土地得以开垦，耕地面积大幅度增长。
云南丽江上府改流后的1725年(雍正三年)只有耕地790余顷，到1727年(雍正五年)新开垦了耕田471余顷，1729年(雍正七年)又新开垦55余顷，总耕地面积增至1318余顷，比明末清初时增加了3倍。
包括鄂西大片荒地也被开垦，1754—1774年(乾隆十九年至三十九年)，施南府垦出荒地亩。
改流后，原土司地区的水利建设也有较大的发展，清政府根据各地的不同情况，对以往常造成灾害的江河湖泊进行了治理，并修建许多新的水利工程。
以云南省为最多，仅在雍正年间昭通地区就兴修水利工程10处，灌溉面积达2万余亩。
据乾隆《云南通志》卷十三水利条记载，雍正年间云南省疏河、开渠、筑堤、建闸等各项水利工程达70项之多。
水利工程的兴建促进了农业生产的发展。
改流后，还将内地的先进生产技术和农具输入到改流地区。
鄂西地区“向来刀耕火种，不用灰粪”，因此鹤峰第一任流官知州即教民“积粪和灰”，“多收草粪”，引进铁犁、铁耙、铁镰等，使“高低田地，皆用牛耕”。
其它省改流地区这种引进先进技术和农具的现象亦很普遍。
改流后亦使手工业和商业有了较快的发展。
对改流地区清政府鼓励从事多种经营，鄂西地区改流后“女勤于织，户有机声”，木匠、铜匠、裁缝各业俱有;施南府“百工多系本地居民有精于艺者，或居肆置物”。
云南东川的矿业也有发展，“矿产税年收万金”。
集市贸易更为繁荣，改流后水陆交通的开通，“水道可以安稳行舟，往来商贾称便，苗、彝土特产，借以源源输出，外地商品，如盐、米、布帛诸物亦得以大量输入”。
湖北鹤峰州“舟楫之往来，连络不绝，商贾之货殖，各种俱全;人事之繁华，已至其极”。
改流地区商业的繁荣可见一斑。
总之，改土归流促进了原土司地区社会经济的发展。
第四，促进了土司地区文化教育的发展。
改流前土司往往以“恐土民向学有知，不便于彼之苛政，不许读书”，“向来土官不容夷人应考，恐其入学，与之抗衡”。
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