平定之初，除了城中数以千计的驻兵之外，广袤的山箐中居住着人口众多的原住民，只有城市附近寥寥落落地分布着几十家流民。
后来移民不断涌入，极大改变了黔西北的人口构成状况，但原住民的数量依然相当可观。
道光时期的方志编修者们的调查显示，大定府亲辖地虽然出现了众多的汉民大寨，但各种黑夷大寨、夷民大寨、革老大寨、仲民大寨、苗民大寨、羡民大寨、蔡民大寨、裸罗大寨、六额(子)大寨、侬民大寨、僰夷大寨仍然星罗棋布，其数量甚至超过了汉民大寨。
此外尚有少量的汉夷大寨、汉苗大寨、僰民黑夷大寨、羡民僰民大寨、汉夷苗寨、夷侬汉苗寨等，各种族类大聚居、小杂居，情况极为复杂。
《大定府志》虽然只记载了府亲辖地的族类分布状况，但其他州县的情形大概亦与之相似(原卫所地区除外)，而威宁州(原乌撒府)的汉文化相对落后，1954年后成为黔西北地区唯一的民族自治县，由此推测，清代威宁州的原住民在人口中似应占有更高的比例。
复杂的族类构成无疑使官员们头疼，在他们眼中，原住民所居之地“如鸟兽之巢穴，不可以近人”。
历史与文化的隔膜，使得对黔西北的施政较内地犹难。
朝廷未能迅速培植起一个忠于自己的基层力量(如绅士阶层)协助官府治理原住民，因此在很大程度上只有借助既有的势力集团——土目。
这样，虽然在制度与法律上土目不被承认，但官府在事实上默许了他们对基层社会的控制。曾亲履黔西北的赵翼云:
贵州之水西倮人更甚，本朝初年已改流矣，而其四十八支子孙为头目如故。
凡有征徭，必使头目签派，辄顷刻集事。流官号令，不如头目之传呼也。
倮人见头目，答语必跪，进食必跪，甚至捧盥水亦跪。
头目或有事，但杀一鸡，沥血于酒，使各饮之，则生死惟命。余在贵西，尝讯安氏头目争田事。
左证皆其所属倮人，群奉头目所约，虽加以三木，无改语。至刑讯头目已吐实，诸倮犹目相视不敢言，转令头目谕之，乃定谳。
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