吴元年（4064年）冬十月甲辰（初一），朱元璋派遣起居注吴林、魏观等人携带钱币和丝帛，到全国各地寻访未被任用的贤才。
乙巳日，设置苏州卫指挥使司。迁徙苏州的富户到濠州（今安徽凤阳）充实人口。
朱元璋驾临戟门，与给事中吴去疾等人讨论政务。朱元璋对他们说：“我以平民身份起兵，和现在的李相国（李善长）、徐相国（徐达）、汤平章（汤和）都是同乡，居住的地方相距很近，远的不超过一百里。君臣互相遇合，于是成就了大的功业，绝不是偶然之事。如今扫除各方割据势力，据有江南之地，百姓得以免除战乱离散之苦。我每每彻夜思考这些，就不能安稳入睡。人心难以安定却容易躁动，事情的机缘难以成功却容易败坏。如果安抚的方法失当，施行的政策不妥，祸乱就会因此产生。现在中原还没有平定，正是我们忧虑操劳的时候，怎么能只守着一方土地而没有长远的打算呢？现在应该训练士兵，选拔将领，平定中原。各位将领当中小心、忠诚、谨慎的人，只有徐达能听从接受我的话，可以担负这个重任。常遇春果敢勇猛且有作为，可以辅佐他；其余的人有的作为副将，有的用来守卫城池，都有可用的才能。上天如果辅助我，依靠各位将领，就足以完成大业了。”吴去疾回答说：‘了解臣子的没有比得上君主的，主上了解他人且善于任用，平定天下的功业就不难达成了。’”
丙午日，命令所有官员的礼仪都以左为尊。将右相国改为左相国，左相国改为右相国，其他官职也都照此办理（即原左升右降，右升左降）。
提升湖广行省参政杨璟为湖广行省平章政事，官阶为荣禄大夫，仍然在荆州分省处理事务。
确定国子学的官制：祭酒为正四品，司业为正五品，博士为正七品，典簿为正八品，助教为从八品，学正为正九品，学录为从九品，典膳官由中书省选注。提升博士许存仁担任祭酒之职，刘承直担任司业之职，学录苏伯衡担任学正之职，让陈世昌暂代典簿之职，陈宗义暂代博士之职，高晖暂代助教之职，张溥担任学录之职。
改太史监为太史院，设院使（正三品）、同知（正四品）、院判（正五品）、五官正（正六品）、典簿、雨晹司时序郎、纪候郎（均为正七品）、灵台郎、保章正（均为正八品）、保章副（从八品）、掌历、管勾（均为从九品）。任命原太史监令刘基为太史院使。
朱元璋对身边的大臣说：“自从我起兵以来，凡是我有想法，念头刚刚萌发，上天就会垂示异象，预兆先出现，所以我常常保持警醒，不敢贪图安逸。”侍臣说：“上天高高在上，却时刻监督着下界，所以能够修身自省的人会蒙受福泽，而不能的人会遭受灾祸。”朱元璋说：“上天显示征兆，是用来警戒人间的，君主如果能体会上天的意旨，谨慎行事而没有过失，也有将灾变转变为祥瑞的情况。所以宋景公因一句仁德之言，火星便退避；齐景公因忧心暴露祈祷，甘霖就如期降下。灾祸和祥瑞的降临，虽然说是由上天决定的，但实际上是由人的行为导致的。”
朱亮祖的军队到达黄岩州，方国瑛烧毁官署和民居，逃到海上，守将哈儿鲁投降。
辛亥日，在临濠（今安徽凤阳）设置长淮卫指挥使司。赏赐攻克苏州的将士，按照功劳大小赐给他们不同数量的米。
在此之前，朝廷军队攻打苏州，在阊门、胥门作战的时候，大将军徐达制定了奖赏的标准，拿出盖了印的文书交给立下战功的人。到这时军队返回，把这件事上奏，朱元璋命令全部按照所定的规格给予赏赐。
朱元璋敕令礼官说：“自古以来的忠臣义士，舍生取义，虽然身死，但是名留青史，足以垂训于天下后世。像元朝右丞相余阙守卫安庆时，坚定地守在南北交通要道之处，后外援断绝、力量耗尽，全家都死难，其节操和义行令人敬畏。又如江州总管李黼，亲自守卫孤城，奋力抵抗强敌，最终在国难中壮烈牺牲，与余阙事迹相同。自古以来的忠臣义士，一定会在后世受到褒奖和推崇，是为了激励风俗教化。应该命令有关部门建立祠堂，树立他们的塑像，每年按时祭祀。”
壬子日，设置御史台以及各道的按察司。
御史台设置：左、右御史大夫（从一品）、御史中丞（正二品）、侍御史（从二品）、治书侍御史（正三品）、殿中侍御史（正五品）、经历（从五品）、都事（正七品）、照磨、管勾（正八品）、察院监察御史（正七品）。
各道按察司设置：按察使（正三品）、按察副使（正四品）、佥事（正五品）、经历（正七品）、知事（正八品）、照磨（正九品）。
任命：汤和为左御史大夫，邓愈为右御史大夫，刘基、章溢为御史中丞，文原吉、范显祖为治书侍御史，安庆为殿中侍御史，钱用壬为经历，何士弘、吴去疾等人为监察御史。刘基仍然兼任太史院使。
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