然而，吐蕃的战事并未就此结束。日喀则和阿里地区的部分贵族和僧侣，在得知拉萨投降的消息后，拒绝归顺，反而加紧与英国人和新疆分裂势力勾结，企图负隅顽抗。
六月十日，余汉谋在拉萨召开军事会议，决定兵分两路：第1师由师长黄涛率领，向西进攻日喀则；第2师由师长张发奎率领，向西北进攻阿里。同时，第3师留守拉萨，巩固后方，推进土改和群众工作。
六月十二日，第1师从拉萨出发，向日喀则挺进。日喀则驻防的吐军约一千人，加上临时强征的农奴，总兵力不足两千。这些部队装备简陋，士气低落，面对第1师的猛烈攻势，几乎是一触即溃。
六月十五日，第1师抵达日喀则城下。黄涛集中师属炮兵团36门75毫米山炮，对日喀则外围阵地进行了长达半小时的炮火急袭。吐军防线瞬间崩溃，士兵四散奔逃。城内的贵族和僧侣见大势已去，仓皇收拾细软，带着部分亲信和财产，向南逃往印度。六月十六日，第1师兵不血刃占领日喀则。
与此同时，第2师在张发奎的指挥下，向阿里进军。阿里地处吐蕃西北，地广人稀，环境恶劣。驻防此地的吐军不足千人，且分散在各要隘，难以集中。第2师采取稳扎稳打的策略，步步为营，逐一攻克藏军据点。
六月二十日，第2师主力抵达阿里首府噶尔（今噶尔县）。驻守此地的吐军稍作抵抗后便宣告投降。然而，城内的部分贵族和僧侣，在得知日喀则的同伙逃往印度后，也选择了出逃。但他们没有向南，而是向北，穿越昆仑山，进入了新疆，投靠了同样投靠英国人的沙比提大毛拉。
六月二十五日，随着阿里全境的平定，吐蕃战事基本结束。除少数边境地区仍有零星抵抗外，西藏绝大部分地区已纳入南方军委的控制之下。
在奉天，李幼邻接到西藏平定的捷报，脸上露出了欣慰的笑容。他对冯庸道：余幄奇干得漂亮。吐一定，我们的西南大后方就彻底稳固了。接下来，该是时候消化战果，巩固统治了。
总指挥，那些逃往印度和新疆的贵族和僧侣……冯庸有些担忧地问道。
跳梁小丑，不足为虑。李幼邻摆摆手，印度是英国人的地盘，我们暂时鞭长莫及。但新疆……他的眼中闪过一丝锐利，沙比提大毛拉这个英国走狗，蹦跶不了多久了。
他走到窗前，望着北方辽阔的天空，沉声道：电告余汉谋，立即在吐蕃全面推行土改和宗教改造。对那些配合的贵族和僧侣，给予优待；对那些顽固抵抗的，坚决镇压。同时，加强边境防御，防止英国人和分裂势力渗透。
另外，他补充道，让南宁以南方军委会名义发表通电。内容要点：一，吐蕃全境平定，彰显我军扞卫国家统一之决心与能力。二，宣布在吐蕃实行的一系列惠民政策，欢迎广大吐族同胞共同建设新吐蕃。三，正告英帝国主义，其分裂华夏之阴谋注定失败，任何支持分裂势力的行为，都将遭到坚决反击！四，呼吁国际社会尊重华夏主权和领土完整，停止干涉华夏内政。
这道通电，如同一记重拳，打在了英国人的脸上。伦敦的唐宁街十号，首相拉姆齐·麦克唐纳接到电报，脸色铁青。他愤怒地将电报摔在桌上：废物！都是废物！吐军一万多人，占据地利，竟然连三个月都撑不住！我们的顾问还被俘虏了！这是大英帝国的耻辱！
首相阁下，现在不是追究责任的时候。外交大臣约翰·西蒙冷静道，当务之急是如何应对。那些被俘的顾问，我们必须设法营救。否则，国内舆论……
营救？怎么营救？麦克唐纳烦躁地踱步，派兵去吐蕃？那里海拔四五千米，我们的士兵上去就得高原反应！谈判？华夏人现在气势正盛，会轻易放人吗？
或许……可以从印度方向施加压力。西蒙建议道，我们在印度有驻军，可以陈兵边境，给华夏人制造压力。同时，通过外交渠道，与南方军委接触，试探他们的态度。
也只能如此了。麦克唐纳长叹一声，另外，加强对那些逃往印度的吐蕃贵族和僧侣的支持。他们在印度成立流亡政府也好，搞什么自由吐蕃运动也罢，总之要给华夏人制造麻烦！
命令迅速下达。然而，无论是军事施压还是外交斡旋，英国人很快发现，他们面对的是一个前所未有的强硬对手。南方军委不仅拒绝释放被俘的英国顾问，还公开了这些顾问参与策划分裂活动的证据，让英国在国际舆论上陷入被动。而在吐蕃内部，土改和宗教改造的深入推进，使得新政权迅速赢得了底层民众的支持，那些流亡贵族的号召力越来越弱。
六月三十日，南方军委在拉萨召开西藏各族各界代表大会，宣布成立吐蕃自治区临时政府，由余汉谋兼任主席，索康等投诚的噶厦官员担任副主席。大会通过了《吐蕃自治区土地改革法》和《吐蕃自治区宗教事务管理条例》，正式以法律形式废除了农奴制，确立了宗教信仰自由政策。
至此，吐蕃这个雪域高原，终于结束了千百年的封建农奴制度，迎来了新的时代。而南方军委，则通过一系列军事和政治手段，在短短半年内，完成了对西南地区的整合。
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